中药材水蛭基因组微卫星分布规律及CYP家族基因挖掘分析.pdf

摘要

摘要

选题依据：中药产业的发展是我国中医发展和中药研究的重要组成部分。随着人

们生活水平的提高，对身体健康的重视程度达到前所未有的高度。动物中药的发展也

至关重要，水蛭入药的首次记载出现在汉朝《神农本草经》，具有悠久入药历史。细

胞色素P450酶系统（CYP）是广泛分布在生物体的单氧酶，P450基因家族参与水蛭

的发育调控机制，在生物体的生长发育和代谢过程方面也具有重要作用。因此，本文

通过研究水蛭的微卫星分布规律与CYP家族基因挖掘分析，对研究水蛭活性成分的

分泌，以及对优质水蛭的品质和产量的提高提供分子标记。

方法：利用MSDB（2.4版）及Krait工具从五种水蛭全基因组序列中搜识别和

鉴定微卫星序列，并统计和比较分析其生物信息学特征。另外，本研究对水蛭CYP1-50

家族基因成员进行鉴定，分析其序列属性；初步筛选109条蛋白序列，采用生物信息

学方法进一步鉴定水蛭CYP1-50家族基因，并进行命名，分析其理化性质、蛋白质

结构、基因结构以及构建系统进化树，利用MEME软件对水蛭CYP家族蛋白进行了

motif分析和通过在线软件对淡水泽蛭CYP家族蛋白质二级结构和三维进行预测。

结果：通过比较分析五种水蛭基因组微卫星的不同重复类型、数量、比例、丰度

等特征，结果表明，三碱基重复类型微卫星占比最大，数量最少的是六碱基重复类型

微卫星。五种水蛭全基因组微卫星均为：三碱基重复类型微卫星四碱基重复类型微

卫星二碱基重复类型微卫星单碱基重复类型微卫星五碱基重复类型微卫星六碱

基重复类型微卫星。五种水蛭均以三碱基重复类型微卫星为主，六碱基重复类型微卫

星最少。这些水蛭基因组微卫星生物信息学特征的比较分析，可以为水蛭微卫星标记

的开发提供有力的数据支撑。本研究共鉴定出28个CYP家族基因成员，这些基因分

布在水蛭14条染色体上，通过其亚细胞定位，显示出28个CYP家族基因成员定位

于细胞的不同部位。多物种CYP蛋白进化树将CYP家族蛋白分为10个分支，并发

现水蛭与斑马鱼中的CYP蛋白多聚类在一支，表明斑马鱼与淡水泽蛭亲缘关系较近。

CYP家族蛋白进行了motif分析，显示CYP所有家族成员蛋白序列中均含有高度保

守的motif1、motif6两个结构域，表明CYP基因亚族基因具有高度的保守性。对淡

水泽蛭CYP家族蛋白质进行二级结构和三维预测，结果显示在这些蛋白质中，

HrCYP1A2-3的α螺旋含量最高，达到了50.00%。除此之外是无规则卷曲、延申链

和β转角，分别占35.69%、5.28%和11.79%，三维预测中HrCYP1A2-3、HrCYP1A1-2、

HrCYP4B4F-2、HrCYP3A-6和HrCYP2-3具有相似性。

I

摘要

关键词：水蛭，基因组，微卫星，CYP，生物信息学分析

II

Abstract

Abstract

Basisforselection:ThedevelopmentofChinesemedicineindustryisanimportant

partofthedevelopmentofChinesemedicineandChinesemedicineresearchinChina.

Withtheimprovementofpeopleslivingstandard,theimportanceofphysicalhealthhas

reachedanunprecedentedlevel.ThedevelopmentofanimaltraditionalChinesemedicine

isalsocrucial.ThefirstrecordofleechesinmedicineappearedinShennongBenCao