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蛋白元件的智能挖掘、改造和从头设计

目录

1.内容概述................................................3

1.1蛋白质功能模块的重要性...............................4

1.2蛋白元件的定义和应用.................................5

1.3文档目标和结构.......................................6

2.蛋白元件的智能挖掘......................................7

2.1基于结构信息的挖掘方法...............................9

2.1.1蛋白结构数据库资源..............................11

2.1.2结构相似性搜索..................................13

2.1.3形状特征提取与分析..............................14

2.1.4结合深度学习的结构挖掘方法......................15

2.2基于序列信息的挖掘方法..............................16

2.2.1相似序列搜索....................................18

2.2.2功能域识别和预测................................19

2.2.3从蛋白质家族分析提取潜在元件....................21

2.3基于功能信息的挖掘方法..............................22

2.3.1蛋白质功能注释数据库............................23

2.3.2功能关联网络分析................................25

2.3.3结合蛋白质相互作用网络分析......................26

2.4整合式挖掘方法和未来展望............................28

3.蛋白元件的改造.........................................29

3.1机器学习模型在蛋白改造中的应用......................30

3.1.1基于序列信息的改造预测..........................32

3.1.2基于结构信息的改造设计..........................33

3.1.3多模态数据的整合................................34

3.2蛋白改造策略........................................36

3.2.1点突变..........................................37

3.2.2寡聚体化........................................39

3.2.3功能模块连接....................................40

3.2.4蛋白拼接........................................41

3.3蛋白改造的应用案例..................................43

3.3.1改进酶催化活性..................................44

3.3.2开发新型生物传感器..............................45

3.3.3构建人工代謝通路................................46

4.蛋白元件的从头设计.....................................48

4.1从头设计方法的种类..................................49

4.1.1基于物理化学模型的设计..........................51

4.1.2基于机器学习的预测设计..........................52

4.1.3结合实验验证的方法拼接..........................54

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