中国科技大学课件系列：《生物信息学》01.ppt

生物信息学

(Bioinformatics)1

背景人类基因组计划(HumanGenomeProject,HGP)：1990年正式启动，旨在完成人类基因组约30亿个碱基的全序列测定。海量生物数据的迅速膨胀：DNA、RNA和蛋白质序列，蛋白质二级结构和三维结构数据，蛋白质相互作用数据等。对大量生物数据的管理、分析和信息化需求促进了生物信息学的迅速发展。2

人类基因组计划

HGP(HumanGenomeProject)由美国NIH和能源部提出和带头，美、英、德、法、日、中共同参与的国际合作项目。重大国际研究项目：测定人类基因组全部DNA序列，构建人类基因组遗传图谱和物理图谱。1990年：正式启动，30亿美元。2001年：人类基因组草图公开发表。2003年：美国宣布该项目完成。3

生物信息学定义的历史演变定义一：生物信息学是一门收集、分析遗传数据以及分发给研究机构的新学科（Bioinformaticsisanewsubjectofgeneticdatacollection,analysisanddisseminationtotheresearchcommunity）。(Dr.HwaA.Lim，1987)定义二：生物信息学特指数据库类的工作，包括持久稳固的在一个稳定的地方提供对数据的支持（Bioinformaticsreferstodatabase-likeactivities,involvingpersistentsetsofdatathataremaintainedinaconsistentstateoveressentiallyindefiniteperiodsoftime）。(Dr.HwaA.Lim，1994)定义三：生物信息学是在大分子方面的概念型的生物学，并且使用了信息学的技术，这包括了从应用数学、计算机科学以及统计学等学科衍生而来各种方法，并以此在大尺度上来理解和组织与生物大分子相关的信息。(Luscombe,2001)4

什么是生物信息学？Bioinformaticsisthefieldofscienceinwhichbiology,computerscience,andinformationtechnologymergeintoasinglediscipline.Theultimategoalofthefieldistoenablethediscoveryofnewbiologicalinsightsaswellastocreateaglobalperspectivefromwhichunifyingprinciplesinbiologycanbediscerned.Biologyinthe21stcenturyisbeingtransformedfromapurelylab-basedsciencetoaninformationscienceaswell.fromNCBI’sscienceprimer5

什么是生物信息学？生物信息学是一门交叉学科，它包含了生物信息的获取、处理、存储、分发、分析和解释等在内的所有方面，它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具，来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。(美国人类基因组计划第一个五年总结报告，1995)6

广义生物信息学观点Biologymaybeviewedasthestudyoftransmissionofinformation:frommothercelltodaughtercell,fromonecellortissuetypetoanother,fromonegenerationtothenext,andfromonespeciestoanother.Thisinformationalviewpointistermedbioinformatics.生物学研究可以被看成是研究信息的传递：从DNA经转录翻译到蛋白质，从细胞质中到细胞核内，从母细胞到子细胞，从一个细胞或一个组织到另一个细胞或另一个组织，从一代到下一代，从一个物种到另一个物种的进化演变。这种信息论的观点即可称为生物信息学。(Bioinformaticchallengesforthenextdecade(s),DavidEisenbergetal.,2006)7

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生物信息学的主要研究内容生物信息的存储与查询；序列