生物信息学在基因组学研究中的应用作业指导书.doc

生物信息学在基因组学研究中的应用作业指导书

TOC\o1-2\h\u8553第一章绪论 2

257241.1生物信息学与基因组学的概述 2

170871.2生物信息学在基因组学研究中的重要性 2

11893第二章基因组序列的获取与分析 3

84512.1基因组测序技术 3

32622.1.1第一代测序技术 3

46212.1.2第二代测序技术 3

124282.1.3第三代测序技术 4

291792.2序列拼接与组装 4

77722.2.1denovo组装 4

125082.2.3混合组装 4

136642.3序列比对与注释 4

110012.3.1序列比对 4

233452.3.2功能注释 5

20942.3.3结构注释 5

13886第三章基因表达调控分析 5

8063.1基因表达谱的获取与处理 5

298453.1.1基因表达谱获取 5

162613.1.2基因表达谱处理 5

189263.2差异表达基因的识别 5

200273.2.1基于统计方法的差异表达基因识别 6

264063.2.2基于机器学习方法的差异表达基因识别 6

147463.3基因表达调控网络构建 6

324033.3.1网络构建方法 6

324793.3.2网络分析 6

173534.1结构变异类型与检测方法 7

187694.2结构变异对基因功能的影响 7

27704.3结构变异的遗传学效应 8

9007第五章功能基因挖掘与鉴定 8

25395.1功能基因的预测与注释 8

130375.2功能基因的验证与评估 8

67105.3功能基因在疾病研究中的应用 9

3998第六章非编码RNA研究 9

304776.1非编码RNA的分类与功能 9

198406.1.1小分子非编码RNA 9

145476.1.2长链非编码RNA 9

112636.1.3其他非编码RNA 10

285436.2非编码RNA的调控机制 10

226946.2.1miRNA的调控机制 10

87466.2.2lncRNA的调控机制 10

58566.2.3其他非编码RNA的调控机制 10

257076.3非编码RNA在基因组学研究中的应用 10

231556.3.1非编码RNA与疾病关联研究 10

305416.3.2非编码RNA与生长发育研究 10

48906.3.3非编码RNA与基因表达调控研究 10

233186.3.4非编码RNA与表观遗传学研究 11

65706.3.5非编码RNA与生物信息学研究 11

8260第七章系统生物学与基因组学 11

296067.1系统生物学概述 11

310757.2系统生物学在基因组学研究中的应用 11

20967.2.1功能基因组学研究 11

237267.2.2疾病基因组学研究 11

311547.3系统生物学与生物信息学的融合 12

15257第八章基因组数据挖掘与生物信息学数据库 12

127368.1基因组数据挖掘方法 12

183478.2生物信息学数据库的构建与维护 13

227728.3基因组数据挖掘在基因组学研究中的应用 13

14181第九章基因组学在疾病研究中的应用 14

7359.1基因组学在肿瘤研究中的应用 14

212429.2基因组学在遗传性疾病研究中的应用 14

220799.3基因组学在复杂性疾病研究中的应用 14

4131第十章基因组学研究的前景与挑战 15

3176310.1基因组学研究的未来趋势 15

3209510.2生物信息学在基因组学研究中的挑战 15

1339610.3生物信息学与基因组学的交叉融合与发展 16

第一章绪论

1.1生物信息学与基因组学的概述

生物信息学是一门融合生物学、计算机科学、信息工程、数学和统计学等多个学科领域的交叉学科，主要研究生物大分子（如DNA、RNA和蛋白质）的结构、功能和相互作用。生物技术的发展，生物信息学在基因组学、蛋白质组学、代谢组学等多个生物研究领域发挥着越来越重要的作用。

基因组学是研究生物体基因组的结构、功能和进化的一门学科。基因组包含了一个生物体的全部遗传信息，是生物体生命活动的基石。基因组学研究主要包括基因组测序、基因