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STAT8016BiostatisticsRTutorial4
ConditionalLogisticRegression
Classification
######################################################
##
#ConditionalLogisticRegression#
##
#Case-ControlStudy
y-c(rep(1,49),rep(0,51),rep(1,76),rep(0,34))
x-c(rep(0,100),rep(1,110))
library(survival)
summary(glm(y~x,family=binomial))
summary(clogit(y~x))
library(Epi)
data(bdendo)
head(bdendo)
#help(bdendo)
ftable(table(case=bdendo$d,est=bdendo$est,agegrp=bdendo$agegrp))
library(survival)
fit-clogit(d~est+strata(set),data=bdendo)
summary(fit)
exp(coef(fit))
exp(confint(fit,confidence=0.95))
data(bdendo11)
fit.conditional-clogit(d~est+strata(set),data=bdendo11)
fit.unconditional-glm(d~est+as.factor(set),data=bdendo11,family=binomial)
#fit.unconditional-glm(d~est+strata(set),data=bdendo11,family=binomial)
c(coef(fit.conditional),coef(fit.unconditional)[estYes])
##
#LinearDiscriminantAnalysis#
##
install.packages(ISLR)
require(ISLR)
names(Smarket)
summary(Smarket)
dim(Smarket)
#?Smarket
pairs(Smarket[2:3],pch=21,bg=c(red,blue)[unclass(Smarket$Direction)])
require(MASS)
##LinearDiscriminantAnalysis
lda.fit=lda(Direction~Lag1+Lag2,data=Smarket,subset=Year2005)
lda.fit
plot(lda.fit)
Smarket.2005=subset(Smarket,Year==2005)
lda.pred=predict(lda.fit,Smarket.2005)
data.frame(lda.pred)[1:5,]
lda.class=lda.pred$class
Direction.2005=Smarket.2005$Direction
table(lda.class,Direction.2005)
mean(lda.class==Direction.2005)
##
#ConfusionMatrixFunction#
##
confusion-function(actual,predictemes=NULL,printit=TRUE)
{
if(is.null(names))
names-levels(actual)
tab-table(actual,predicted)
acctab-t(apply(tab,1,function(x)x/sum(x)))
dimnames(acctab)-list(Actual=names,Predicte
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