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LAMMPS命令类别详解

LAMMPS输入脚本通常有4个部分：Initialization;Systemdefinition;Simulationsettings;Runasimulation.

Initialization：

相关的命令有：units,dimension,newton,processors,boundary,atom_style,atom_modify.如果要读取的文件中出现了力场参数，这些命令将告诉LAMMPS正在使用哪种力场:pair_style,bond_style,angle_style,dihedral_style,improper_style.

Systemdefinition：

有三种方法来定义模拟单元，为力场信息预留空间，并在LAMMPS中填充原子。分别通过read_data或read_restart命令从(1)数据文件或(2)重启文件中读取它们。这些文件还可以包含分子拓扑信息。或者(3)创建一个模拟单元，用晶格上的原子填充它(没有分子拓扑)，使用以下命令:lattice,region,create_box,create_atomsorread_dump.

使用replicate命令，可以复制整个原子集以进行更大的模拟。

Simulationsettings：

一旦定义了原子和分子拓扑，就可以指定各种设置:力场系数、模拟参数、输出选项等等。

力场系数由以下命令设置（它们也可以在读取文件中设置）：pair_coeff,bond_coeff,angle_coeff,dihedral_coeff,improper_coeff,kspace_style,dielectric,special_bonds.

各种模拟参数由以下命令设置：neighbor,neigh_modify,group,timestep,reset_timestep,run_style,min_style,min_modify.

修复会强加各种边界条件、时间积分和特征选项。Fix命令有多种形式。

可以使用compute、compute_modify和variable命令指定模拟期间执行的各种计算。

输出选项由Thermo，Dump和Restart命令设置。

Runasimulation：

使用run命令运行分子动力学模拟。使用minimize命令来执行能量最小化(分子静力学)。可以使用temper命令运行并行回火(副本交换)模拟。

Initialization

1.1units

units关键字用来说明整个模拟体系所涉及到的物理量的单位制,后面的参数lj是在告诉LAMMPS所有物理量都采用无量纲的约化单位。

LAMMPS还有很多种单位制可以选择,这需要根据实际体系来具体考虑,例如：unitssi；unitsmetal；unitslj；unitsreal;

unitsstyle（style=ljorrealormetalorsiorcgsorelectronormicroornano）

对于除lj以外的所有单位，LAMMPS使用来自的物理常数。对于以实际单位为千卡的定义，LAMMPS使用1卡路里=4.184J。

对于lj，所有量都是无单位的。在不失一般性的前提下，LAMMPS设置基本量：质量，σ，ε，和玻尔兹曼常数kB=1。指定的质量，距离和能量是这些基本值的倍数。还给出了将减少或无单位数量与相同数量单位相联系的公式。因此，您可以使用质量＆σ＆ε值，然后将无单位LJ模拟的结果转换为物理量。

1.2newton

此命令可打开或关闭牛顿的第三定律以进行成对和键合交互。对于大多数问题，将牛顿的第三定律设置为“开”意味着在计算上节省了适度的时间，但通讯量却增加了两倍。是否更快，取决于问题的大小，强制截止长度，机器的计算/通信比率以及使用的处理器数量。

newtonflag#flag=onoroff成对和键合相互作用都打开或关闭

newtonflag1flag2#flag1=onoroff成对交互作用打开或关闭

#flag2=onoroff键合相互作用打开或关闭

Setupsimulationbox

boundary

在每个维度中为全局模拟框设置边界样式。单个字母将相同的样式分配给框的下表面和上表面。两个字母将第一种样式分配给下表面，将第二种样式分配给上表面。模拟框的初始大小由read_data，read_restart或create_box命令设置。

对于样式p表示盒子是周期性的，因此粒子可以跨边界交互