瘿螨总科高级阶元系统发育研究.pdf

目录

摘要I

ABSTRACTIII

第一章文献综述1

1瘿螨总科高级阶元系统发育研究进展1

1.1基于形态学的研究进展1

1.2基于分子标记的研究进展2

2瘿螨总科高级阶元系统发育研究所面临的挑战6

2.1DNA提取技术6

2.2长枝吸引效应7

3超保守元件概述8

3.1超保守元件简述8

3.2超保守元件的优点10

3.3超保守元件在节肢动物中的应用10

4本研究的目的和意义11

第二章瘿螨总科基因组学分析13

1材料和方法13

1.1样本获得及保存13

1.2标本制作与鉴定13

1.3DNA的提取与PCR扩增17

1.4基因组扩增与测序18

1.5测序数据质控与组装19

1.6探针设计与位点提取19

1.7系统发育信号19

2结果与分析20

2.1瘿螨基因组组装结果20

2.2基因组直系同源基因评估结果20

2.3UCE位点20

2.4系统发育信号位点24

3讨论25

第三章瘿螨高级阶元系统发育研究27

1材料和方法27

1.1研究类群27

1.2数据集构建27

1.3系统发育33

1.4聚类似然映射分析35

1.5遗传距离35

1.6长枝吸引效应35

2结果与分析36

2.1基于矩阵完整度的系统发育分析36

2.2基于MPSI的系统发育分析41

2.3基于TreSpex的系统发育分析42

2.4聚类似然映射分析44

2.5遗传距离46

2.6长枝吸引效应48

3讨论52

第四章基于时间轴的瘿螨总科系统发育研究55

1材料与方法55

1.1研究类群55

1.2时间分化55

2结果与讨论56

全文总结59

参考文献61

附录69

攻读硕士学位期间取得的学术成果81

致谢83

瘿螨总科高级阶元系统发育研究

摘要

瘿螨是一类植食性螨类，属世界分布。目前全世界已描述发表的瘿螨高达4400余

种，是蜱螨亚纲中最大的类群。与其他螨类相比，瘿螨具有特殊的形态特征和生物学

习性，例如，个体微小，平均体长约为200微米；体型为梭型或蠕虫型，仅有两对足，

全身刚毛退化严重；对寄主高度专化，约80%的种类被报道仅寄生于一种寄主植物之

上。目前，瘿螨总科属于蜱螨亚纲、真螨总目、绒螨目。

关于瘿螨的研究已经持续了一个多世纪。由于瘿螨相较于其他螨类具有较少的形

态特征（如刚毛的缺失和后足的退化等），基于形态学特征而构建的瘿螨分类系统缺

少足够的系统发育信号，形态祖征和衍征的确立受主观影响太强。因此，瘿螨总科的

分类地位经历过多次变动。近年来，随着分子生物学的发展，基于DNA短片段的分

子标记技术为瘿螨分类研究提供了新的方