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京都基因和基因组百科全书(KEGG)是系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的知识库。基因组信息存贮在GENES数据库里，包括完整和部分测序的基因组序列；功能信息存贮在PATHWAY数据库里，包括图解的细胞生化过程如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期，还包括同系保守的子通路等信息；KEGG的另一个数据库是LIGAND，包含关于化学物质、酶分子、酶反应等信息。KEGG提供了Java的图形工具来访问基因组图谱，比较基因组图谱和操作表达图谱，以及其它序列比较、图形比较和通路计算的工具，可以免费获取。网址：http:///（四）KEGGKEGG主页第四节基因组数据库*EntrezGonomes01020304EnsemblUCSCGenomeBrowser其他基因组数据库一二三四01020304NCBI提供的，是世界上最大、最完整的多物种的基因组资源。目前已收录5937个物种的8500多条记录，提供了各种基因组图谱，包括完整的染色体、序列图谱、遗传图谱、物理图谱和连续子（contigs）图谱。按生物体分成古细菌（Archaea）、细菌（Bacteria）、真核生物（Eukaryotae）、病毒（Viruses）、类病毒（Viroids）和质粒（Plasmids）六大类。可以通过Entrez进行关键词搜索，也可以通过MapViewer进行浏览、检索及编辑。05网址：一、EntrezGonomesEntrezGonomes主页MapViewer是一种从众多资源中汇集图谱和序列信息的图谱浏览器。它既允许用户浏览和检索某有机体完整基因组信息，又允许用户在序列水平，通过浏览单个染色体图谱或某染色体上的特定区域，探查完整基因组信息。对于每一个基因组，MapViewer从4个层次揭示其信息：生物体主页（HomePage）基因组浏览（GenomeView）图谱浏览（MapView）序列浏览（SequenceView）（一）MapViewerDDBJ(DNADataBankofJapan，日本核酸数据库，http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html)创建于1986年，现由日本国家遗传学研究所的生物信息中心（CIB/DDBJ）管理和维护。01截止至2009年9月，DDBJ（79版）共收录108,593,519条序列,106,684,379,504个碱基。02DDBJ主页除了提供SRS、ARSA、TXSearch、BLAST等数据检索功能外，还提供SAKURA、MSS、Sequin数据提交工具和CLUSTALW、FASTA、BLAST等数据分析工具。03（一）DDBJ概述通过getentry、ARSA、SRS、TXSearch、BLAST、PSI-BLAST、FASTA、SSEARCH等检索工具可以获取DDBJ数据。前四种用于检索DDBJ数据库中的原始数据，其中getentry属于存取号检索，SRS和ARSA属于关键词检索，TXSearch属于分类检索；后4种对用户提供的序列或片断作同源性分析。（二）DDBJ检索第三节蛋白质数据库*01蛋白质序列数据库02蛋白质结构数据库03蛋白质功能数据库一二三一、蛋白质序列数据库*（三）TrEMBL（四）GenPept（二）SWISS-PROT（一）PIR（五）UniProt（六）OWL（一）PIR创建于1984年。1988年，美国NBRF、日本国际蛋白质信息数据库（JapanInternationalProteinInformationDatabase,JIPID）与德国的慕尼黑蛋白质序列信息中心（MunichInformationCenterforProteinSequences,MIPS）合作成立国际蛋白质序列信息中心（PIR-International）。第75.03版的PIR数据库按照数据的性质和注释详略分成四个子库：PIR1、PIR2、PIR3和PIR4。PIR1中的序列已经验证，注释最为详尽；PIR2中包含尚未确定的冗余序列；PIR3中的序列尚未加检验，也未加注释；PIR4包括其他渠道获得的序列，既未验证，也无注释。网址：http:///PIR主页创建于1986年1994年，SIB创建蛋白质专家分析系统(ExpertProteinAnalysisSystem，ExPASy)(http://)，除了开发、维护和管理SWISS-PROT数据库外，还提供蛋白质序列、结构、功能和蛋