细菌全基因组测序.pptVIP

真核基因常是间断的在1977年发现间断基因后，原有的观点被推翻，存在间断基因的主要证据在于对DNA和信使RNA之间的比较，信使RNA往往包含一段核苷酸序列，按照基因编码规则，这段序列与蛋白生成物有关，但是这些基因包括了编码区的另外的序列，这些序列代表了蛋白，在真菌中这种差异是常见的，但在细菌中就罕见了。组成间断基因的DNA序列分为两类，如图2.10：1.外显子:代表着信使RNA2.内含子则是指信使RNA中所缺的范围基因表达需要一个新的步骤，这个步骤在原核生物中是不发生的。DNA代表了基因组，但RNA是一个前体，它不能被用来制造蛋白，首先，内含子必须从RNA中转移出来，仅由外显子组成的信使RNA上，这个过程叫RNA的拼接。这会让我们对基因的认识有什么改变呢？随着拼结，外显子被连接成在DNA中它们所存在的那种序列，这样在单个的外显子和相应的部分蛋白链上基因和蛋白的共线性被获得，基因中突变顺序和蛋白质中氨基酸被代替顺序是一致的。但是基因中的距离与蛋白中的距离并不完全相符。基因的计算由起始RNA（前体）而非信使RNA所决定。所有的外显子都在相同的RNA分子上，而且它们的拼结仅仅是分子内的反应。通常没有被不同RNA分子所携带的外显子，因此这种机制排除了任何代表不同等位基因拼结的序列。因此突变在一个不与其它互补的基因的外显子上，这样它们被定义为互补组，如果来绘制突变图，则我们将发现那些成束的蛋白序列代表了外显子，每一个单个不同于代表内含子的别的束的。内含子突变会造成什么后果呢？既然内含子并不是信使RNA的一部分，它们中的突变并不影响蛋白结构，然而，它们能阻止信使RNA的生成——例如，通过抑制外显子的拼结，这种突变仅仅作用在携带它的等位基因上，因此与另外等位基因上的突变相互补，组成了作为外显子的等同互补组的一部分。在真菌的间断基因中，许多内含子并不起作用，它们仅在基因表达中被移动。然而，有一些例外，最引人注意的是在酵母的线粒体中，内含子编码蛋白生成，而这种蛋白的功能与外显子编码的蛋白功能是不同的，这就是说内含子的突变与外显子所代表的突变是不同的。这样一种互补作用可能包含了另外其它组束的突变作用。真核基因并不需要被间断。一些相应的蛋白产物为原核基因，在酵母中，大部分基因实际上是不被间断的，在更高级的真核生物中，许多基因被间断，而且内含子往往比外显子要长，所产生的基因比编码区也要大，基因组测序和组装流程生物信息学分析流程图基因注释主要基于蛋白序列比对，将基因的序列与各数据库进行比对，得到对应的功能注释信息。注释的蛋白库为：KEGG、COG、SwissProt、TrEMBL、NR。0102基因功能注释B-6KEGG代谢通路二级分类图B-9KEGG代谢通路二级分类图B-6COG功能分类图B-9COG功能分类图B-6GC含量、GCskew、COG注释基因组分布图B-9GC含量、GCskew、COG注释基因组分布图基因家族（genefamily）

和基因簇（genecluster）分析genefamily.xls基因家族聚类结果genefamily.stat各基因家族统计信息distance_data/all.KaKs各基因家族内基因两两间的Ka/Ks结果gene_families包含各基因家族的序列等信息基因组中来源相同，结构和功能相关的基因聚集在一起形成基因家族。基因家族的各个成员紧密成簇排列成大段的串联重复单位，分布在某一条染色体的特殊区域解读策略木质素基质是非常巨大的非均性高分子，会受到细胞外酶或试剂的作用；木质素不含有可水解的化学键，这就意味着木质素降解所参与的酶必须具有氧化性；木质素具有立体结构不规整性，与许多其他天然高分子相比，木质素降解要求更具非特异性的作用。木质素降解过程中涉及到的细胞外酶主要有：木质素过氧化物酶（LiP）和锰过氧化物酶（MnP），以及漆酶（Lac）。此外，一些附属酶参与过氧化氢的产生，乙二醛氧化酶（glyoxaloxidase，缩写作GLOX）和芳基醇氧化酶（arylalcoholoxidase，缩写作AAO）属于这类酶。测序数据的解读与分析解读策略木质素降解过程涉及到的其他酶。对木质素模型化合物作用的相关酶；木质素单体化合物降解相关酶。聚合木质素木质素LacMnPLiP单体二聚体寡聚体LacMnPLiP其他酶C1C2C3片段CO2开环产物CO2芳香醛酸醌+氢醌CO2运用测序数据构思文章聚合木质素木质素LacMnPLiP单体二聚体寡聚体LacMnPLiP其他酶C1C2