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基于微卫星分子标记的贝类底播回捕占比率计算

C.1样本采集

对于生态增殖区的同种类贝类，底播增殖前分别采集原生种群和底播苗种群体样本各50个～60个，

回捕时随机抽取50个～60个回捕样本。

C.2样本保存

样本采集后，用剪刀剪取一块200mg～500mg的体壁组织，置于10mL离心管中，加入5mL95%乙醇，

常温运至实验室保存。

C.3样本DNA提取

采用常规的海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒提取贝类样本DNA，DNA浓度≥50ng/μL，

OD/OD=1.8～2.0。

260280

C.4多态性SSR位点的筛选

对不同来源的特定种类贝类进行基因组测序并利用MISA软件查找具有地理差异的特定种类贝类的

SSR位点，采用PrimerPremier5软件设计引物，对不同来源的特定种类贝类基因组DNA进行PCR扩增，

采用遗传分析仪对PCR扩增产物进行分型，并利用GeneMapper3.2软件读取等位基因片段的长度，采用

Cervus软件计算期望杂合度（He）、观测杂合度（Ho）及多态性信息含量（PIC），筛选出20个～30个

具有高度多态性的特定种类贝类的SSR标记。

C.5PCR扩增及基因分型

利用本文件C.4中具有高度多态性的SSR标记的特异性引物，对特定种类的贝类样本进行PCR扩增。

PCR反应体系25μL，包括：10×PCRbuffer2.5μL、10mMdNTP0.5μL、高保真PCR酶1U、正向引物（10μM）

0.5μL、反向引物（10μM）0.5μL、DNA模板1μL，其余由无菌双蒸水补足至25μL。PCR扩增程序为：95℃

预变性5min；95℃变性30s，52℃～58℃退火30s，72℃延伸30s，共32个循环；72℃再延伸6min。采用

遗传分析仪对PCR扩增产物进行分型。

C.6特定种类贝类回捕抽样样本的遗传区分及回捕占比率计算

C.6.1特定种类贝类回捕抽样样本的遗传区分

利用本文件C.5的分型结果，通过相关软件对三个群体（原生种群、放流苗种和回捕样本）进行遗

传分析，鉴定特定种类贝类的回捕抽样样本与同种类底播苗种群体和原生种群间的遗传距离，如回捕抽

样样本与底播苗种群体具有相似的分子遗传特征，且聚为一类时，可确定其为底播群体的回捕个体。

C.6.2贝类底播回捕占比率计算

统计特定种类贝类回捕抽样样本中底播群体的回捕个体数，并按如下公式计算贝类底播回捕占比

率：

(⁄)

=）×100%···························································(C.1)

式中：

R——贝类底播回捕占比率，单位为%；

H

Cn——特定种类贝类回捕抽样样本中底播群体的回捕个体数，单位为个；

Ct——特定种类贝类回捕抽样样本的总个体数，单位为个。