基于神经网络的代谢通量预测.pdf

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摘要I

ABSTRACTIII

1.代谢通量组学研究综述1

1.1代谢1

1.2代谢通量2

1.3代谢组学与代谢通量组学3

1.4代谢通量分析的研究进展5

1.4.1计量代谢通量分析5

1.4.2计量矩阵法7

13

1.4.3C代谢通量分析8

13

1.4.3非稳态C代谢通量分析9

13

1.4.4当前非稳态C代谢通量组学的存在问题和解决方案..10

1.5基于帕累托前沿的代谢通量极限预测12

13

2.C代谢通量组学中的同位素标记算法17

2.1同位素异构体17

2.1.1同位素异构体编码17

2.1.2同位素异构体丰度与分布向量17

2.1.4原子转移矩阵18

13

2.1.5C标记状态平衡和同位素异构体平衡方程组19

2.2累积同位素异构体标记模型22

2.2.1累积同位素异构体丰度23

2.2.2同位素异构体分布向量与累积同位素异构体分布向量之

间的变换关系24

2.3质量同位素异构体标记模型24

2.3.1质量同位素异构体分布向量25

I

贵州师范大学硕士学位论文

2.3.2同位素异构体分布向量和质量同位素异构体分布向量之

间的关系25

13

3.基于神经网络的非稳态C代谢通量预测实验设计26

3.1神经网络的三个基本要素26

3.1.1模型27

3.1.2学习准则27

3.1.2优化算法29

3.2数据集构建29

3.3数据预处理33

3.4神经网络模型选择35

3.4.1监督学习36

3.4.2前馈神经网络37

3.4.3循环神经网络39

3.5模型参数设置与分组39

3.5.1激活函数40

3.5.2优化算法与学习率41

3.5.3损失函数43

3.5.4分组训练44

4.实验结果与数据分析45

A

4.1代谢网络45

4.1.1确定神经网络模型和隐藏层数45

4.1.2确定激活函数47

4.1.3确定优化算法48

4.1.4确定损失函数49

4.2代谢网络B50

4.3结果分析52

5.总结与展望55

II

目录

5.1总结55

5.2进一步展望55

参考文献57

致谢62

攻读硕士学位期间主要研究成果63

贵州师范大学学位论文原创性声明64

贵州师范大学学位论文使用授权书64

III

摘要

摘要

代谢