生物芯片技术及其发展.pptVIP

1998年程京博士首次应用LOC实现了从样品制备到反应结果显示的全部过程，成果地从混有大肠杆菌的血清中分离出了细菌。LOC与卫星传输和网络生物信息学结合，将实现高通量、一体化和移动性的“未来型掌上实验室”的构想。在一张芯片上完成样品(如血液、组织等)制备、化学反应、检测和数据分析。含有加热器、微泵微阀、微流量控制器、电子化学和电子发光探测器的芯片已经问世。也已出现样品制备、化学反应和分析检测部分结合的芯片。01020304缩微芯片实验室抗体和蛋白质阵列技术蛋白质组学(protiomics)的兴起，促进了抗体和蛋白质阵列技术的发展。PareickBrown使用特异性抗体微矩阵，测定了细胞和体液样本中数千种不同的蛋白质。Leuking等采用蛋白质微阵列技术，测定了10pg的微量蛋白质，并证实假阳性极低。乳腺癌基因芯片Stanford乳腺癌微矩阵(Perouetal.1999)每种基因的数据以行表示，每个实验用列表示。01颜色强度表示对照和实验cDNA的比率。比率相同时为1。02结果为红色表示mRNA增加，绿色表示减少，灰白色表示缺乏。03两种基因的相似性用Pearson相关公式或Euclidian测距公式计算。04DNA微矩阵分析软组织肉瘤表达

KavineMaillardetal(1999)cDNAs进行DNA表达矩阵，PCR产物包被在经赖氨酸处理的玻片上，用Cys3-和Cys5-标记的cDNA进行杂交，洗涤后用Scanarray3000扫描仪测定矩阵，表达数据储存在ACeDB数据库中，根据数据表达类型区分不同的基因。生物芯片技术及其发展生物芯片（Biochip或Bioarray）是指包被在固相载体上的高密度DNA、抗原、抗体、细胞或组织的微点阵(microarray）。01生物芯片包括DNA芯片、抗原芯片、抗体芯片、细胞芯片、组织芯片等。021998年世界十大科技突破之一。03未来十年最具发展潜力的技术。04生物芯片的定义01020304高度并行性：提高实验进程、利于显示图谱的快速对照和阅读。多样性：可进行样品的多方面分析，提高精确性，减少误差。微型化：减少试剂用量和反应液体积，提高样品浓度和反应速率。自动化：降低成本，保证质量。特点01尚未统一。02广义上：矩阵型芯片、处理型芯片03固化材料：基因芯片、蛋白质芯片、细胞芯片、组织芯片生物芯片分类研究历史1991Affymatrix公司StephenFodor:光刻与光化学技术、多肽和寡聚核苷酸微阵列。DNAChip概念Stanford大学Brown实验室：预先合成，机械手阵列1995Schena等：基因表达谱1996Cheeetal：DNA测序1996Croninetal：突变检测1996SapolsleyLipshutz：基因图克隆1996Shalonetal：复杂DNA样本分析1996Shoemakeretal：缺省突变定量表型分析疾病检测(如HIV、P53基因、结核杆菌)法医鉴定(如DNA指纹图谱)基因变异检测芯片肿瘤相关基因(正常与肿瘤组织表达差异)药物筛选(培养细胞药物刺激前后表达差异)发育(同一组织不同发育时期基因表达差异)组织发生(不同组织或器官的基因表达差异)表达谱芯片分类（根据应用）原位合成法：密集程度高，可合成任意序列的寡聚核苷酸，但特异性较差，寡聚核苷酸合成长度有限，且随长度增加，合成错误率增高。成本较高，设计和制造较烦琐费时。DNA微矩阵法：成本低，易操作，点样密度通常能满足需要。芯片的载体需表面紧质、光滑的固体，如硅，陶，玻璃等，DNA微矩阵芯片常用玻片为载体。分类（根据工艺和载体）寡聚核苷酸或DNA片段：约20?25个核苷酸碱基，常用于基因类型的分析，如突变、正常变异（多态性）。全部或部分cDNA：约500?5000个核苷酸碱基，通常用于两种或以上样本的相关基因表达分析。分类（根据DNA成分）ScienceChip：生物分析和诊断。NutriChip：食物分析、转基因、污染检测。LeukoChip：血液分析、病毒分析、HLA分析。AquaChip：水质分析。SecureChip：含DNA的物质鉴定。ChromoChip：基因分析和染色体序列。ProkaryoChip：原核生物、兽医、环保等。基因芯片的种类01芯片制备：微点阵02样本制备：DNA提纯、扩增、标记03杂交：样本与互补模板形成双链04检测：共聚焦扫描，双色激光05数据处理：定量软件，数据