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豫南黑猪背膘与全基因组变异关系研究

目录

豫南黑猪背膘与全基因组变异关系研究（1）．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

一、内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

（一）研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

（二）研究意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

二、材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

（一）实验材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

（二）实验设计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

（三）数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

三、豫南黑猪背膘性状遗传分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

（一）遗传基础．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

（二）基因定位．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

（三）遗传效应．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

四、全基因组变异分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

（一）基因组数据获取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

（二）变异检测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

（三）变异分类与注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

五、背膘与全基因组变异关系探讨．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

（一）相关性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

（二）基因-性状关联分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

（三）基因网络构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

六、结论与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

（一）主要发现．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

（二）研究限制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

（三）未来研究方向．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

豫南黑猪背膘与全基因组变异关系研究（2）．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

1.1豫南黑猪品种概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

1.2背膘性状在豫南黑猪中的重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

1.3全基因组变异研究在动物育种中的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

研究方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

2.1研究对象与样本采集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

2.2全基因组测序技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

2.3数据处理与分析流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

2.3.1数据质量控制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35

2.3.2变异位点检测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

2.3.3功能注释与富集分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

结果分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

3.1豫南黑猪背膘性状的遗传多样性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

3.2全基因组变异位点分布特征