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猪全基因组低密度SNP芯片的设计与效果评估
目录
猪全基因组低密度SNP芯片的设计与效果评估（1）．．．．．．．．．．．．．．．4
一、内容概括．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.2研究意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.3研究内容与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
二、材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
2.1样本来源与选取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
2.2DNA提取与纯化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
2.3引物设计与PCR扩增．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
2.4纯化与检测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
2.5数据收集与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
三、猪全基因组低密度SNP芯片设计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
3.1芯片平台选择．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18
3.2导入参考基因组．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
3.3特征选择与SNP筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
3.4芯片制备与质量控制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
3.5芯片数据解读．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22
四、效果评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
4.1样本覆盖度分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
4.2特异性与灵敏度评价．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26
4.3精确度与一致性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
4.4实际应用案例．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
五、结果与讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
5.1芯片性能参数．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
5.2数据质量评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33
5.3特定SNP位点分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35
5.4与其他技术的比较．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
六、结论与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37
6.1研究成果总结．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39
6.2存在问题与改进方向．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
6.3未来研究与应用前景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41
猪全基因组低密度SNP芯片的设计与效果评估（2）．．．．．．．．．．．．．．42
一、内容概括．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42
研究背景及意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43
研究目的和任务．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44
二、猪全基因组概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．48
猪基因组特点．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49
猪基因组研究现状．．．
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