土壤环境基因组技术及其在新药发现中的应用.pdfVIP

【关键词】药物发现；,,环境基因组；,,未被纯培养微生物；,,土壤DNA文

库；,生物活性物质

摘要：土壤是微生物最重要的生境，土壤微生物具有极大的多样性。然而传统

培养技术只能得到约1%的微生物纯培养，其余都是未被纯培养微生物。利用土

壤环境基因组技术，可以把未被纯培养微生物的基因克隆到载体中并在宿主中

进行表达，获得比已培养微生物丰富的代谢产物多样性，这为我们发现新颖结

构先导化合物以及新药开辟了新的道路。本文介绍应用环境基因组技术构建土

壤DNA文库的思路和方法。

关键词：药物发现；环境基因组；未被纯培养微生物；土壤DNA文

库；生物活性物质

Soilmetagenomicsanditsapplicationfornewdrugdiscovery

ABSTRACTSoilisthemostimportanthabitatformicrobes.Soil

microbesareofconsiderablediversity.However,onlyabout1%of

soilmicrobesarecultivablewithtraditionaltechniques,othersare

allunculturedmicroorganisms.Thegeneofunculturedmicroorganisms

canbeclonedtovectorsandexpressedinhostbysoilmetagenomics.

Highlydiversifiedmetabolitescanbeobtainedthanthoseobtained

fromculturedmicroorganisms,whichpavethewayofdiscoveringlead

compoundswithnovelstructureorevennewdrugs.Inthisreview,the

ideaandmethodofconstructingasoilDNAlibrarybymetagenomicsis

introduced.KEYWORDSDrugdiscovery;Metagenomics;Asyetuncultured

microorganisms;SoilDNAlibrary;Bioactivesubstance

自从1928年AlexanderFleming发现点青霉中存在抗菌物质后，在微生物次级

代谢产物中寻找药物就一直是药物发现的热点之一。传统的微生物药物筛选方

法是从环境中分离培养微生物，并对纯培养进行发酵以获得特定生理条件下的

次级代谢产物，最后对产物中的活性成分进行分离、纯化和表征，以获得有临

床价值的先导化合物。在经历了大规模抗生素筛选的黄金时代以后，微生物药

物发现进入低速发展阶段。抗生素滥用导致的耐药性问题使得人们努力从微生

物中寻找新的抗生素，尤其是具有新结构的抗生素先导化合物。然而，传统分

离培养方法的局限性，从环境中分离得到新类群越来越困难，即使分离得到的

微生物，菌株的排重问题也难以得到解决。传统技术越来越难以增加微生物次

级代谢产物的多样性，也不能满足高通量筛选的需求。决定微生物次级代谢产

物多样性的因素主要有：待筛选物种数量及其多样化程度；物种的新颖性及其

产生新次级代谢产物的潜力［1］。天然产物的复杂性和新颖性永远超乎人们的

想象，自然环境中存在的微生物多样性也远远超出人们的常识。实际上，可培

养的微生物只占整个微生物类群很小的一部分，未被纯培养微生物(asyet

unculturedmicroorganism)蕴藏着一大批未开发的药物资源。通过环境基因组

(metagenomics)的方法，即从土壤样品中提取总DNA，纯化，部分降解，把酶

切片断放入载体中，在诸如大肠埃希菌等容易发酵的微生物中表达。人们已开

始探索这一未知领域，并报道了由新颖序列编码的表达酶活性和抗生素活性的

克隆［2］。

1土壤中微生物的多样性

土壤微生物是最有价值的天然产物源泉之一，它们提供了许多工业上十分重

要的抗生素以及生物催化剂。芽孢杆菌、丝状真菌、放线菌以及粘细菌都有惊

人的产生多样化次级代谢产物的能力。Hammond估计地球上的微生物物种多达

16×109，广泛分布于各种生态系统中［3］，其中，土壤无论从微生物数量和

种类上都是首屈一指的生境。运