系统进化树的构建.pptxVIP

01建树的方法有：02UPGMA（类平均法）03ME（MinimumEvolution，最小进化法）04NJ（Neighbor-Joining，邻接法）05MP（Maximumparsimony，最大简约法）06ML（Maximumlikelihood，最大似然法）07贝叶斯（Bayesian）推断等方法。08其中UPGMA法已经较少使用。一.怎样建树

一般来讲，如果模型合适，ML的效果较好。MP一般不用在远缘序列上，这时一般用NJ或ML。对相似度很低的序列，NJ往往出现Long-branchattraction（LBA，长枝吸引现象），有时严重干扰进化树的构建。一些人认为贝叶斯的方法最好，其次是ML，然后是MP。其实如果序列的相似性较高，各种方法都会得到不错的结果，模型间的差别也不大。3214选择需要的建树方法:

对于进化树的构建，如果对理论的了解并不深入，需要选择模型的时候用NJ或者ML建树。一般推荐用两种不同的方法构建进化树，如果所得到的进化树类似，则结果较为可靠。Bootstrap几乎是一个必须的选项。一般Bootstrap的值70，则认为构建的进化树较为可靠。如果Bootstrap的值太低，则有可能进化树的拓扑结构有错误，进化树是不可靠的。

No.3构建NJ树，可以用PHYLIP或者MEGA。MEGA是Nei开发的方法并设计的图形化的软件，使用非常方便。推荐MEGA软件为初学者的首选。构建MP树最好的工具是PAUP，但该程序属于商业软件，并不对学术免费。推荐使用MEGA来构建MP树。理由是，MEGA是图形化的软件，使用方便。构建ML树可以使用PHYML，速度最快。ML的模型选择是看构出的树的likelihood值，从参数少，简单的模型试起，到likelihood值最大为止。ML也可以使用PAUP或者PHYLIP来构建。No.2No.1建树软件的选择：

一般通过NJ构建进化树，并且进行Bootstrap分析所得到的结果已足够。如果序列近缘，可以再使用MP构建进化树，进行比较。如果序列较远源，则可以做ML树比较。使用两种方法得到的树，如果差别不大，并且Bootstrap总体较高，则得到的进化树较为可靠。01如果使用MEGA进行分析，选项中有一项是“Gaps/MissingData”，一般选择“PairwiseDeletion”。其他多数的选项保持缺省的参数。02

构建分子进化树相关的软件构建分子进化树相关的软件

构建分子进化树相关的软件

选择软件时最重要的问题是：你需要解决什么样的问题？如果分析的结果能够解决你现有的问题，那么，这样的分析足够了。因此，在做进化分析前，可能需要很好的考虑一下自己的问题所在，这样所作的分析才有针对性。在实用中，只要的方法、模型合理，建出的树都有意义，可以任意选择自己认为好的一个。010201小结：

启动程序运行环境：在Windows95/98,NT,ME,2000,XP,vista等操作系统下均可使用。下载安装：可以直接登陆进行下载安装，另外还可/tools/phylogeny.php中的链接进去。二.用MEGA建树

序列分析:(1)启动.

单击后，会出现如下界面：

这里有三个选项分别对应三种不同的情况：以下分别予介绍：Createanewalignment：是在你没有任何比对的时候使用，比如你只有一个fasta格式的序列就可以选择这个选项。Openasavedalignmentsession：使用它可以打开一个我们已经比对好的序列文件.Retreveasequencefromafile：这种情况同第一种情况相似，只是不用选择是DNA还是蛋白质序列比对，选择的也是fasta格式的文件，打开后的界面都是一样的。

然后从data菜单选择输入数据文件如图：

选择你保存的fasta格式序列后就会出现：比对结束后可以将结果保存（data/savesession/），以供构建系统发育树使用.

下面这个是序列数据管理的管理界面，此外我们还可以通过主界面上的data/opendata路径打开，效果是一样的，注意这里打开的只能是刚才保存的后缀是.MEG的文件。

当这个序列数据界面出来后，注意软件的主界面发生了一定的变化，多出了几个功能菜单：

Phylogeny选项中有以下子菜单：Phylogeny

点击Bootstrapconsensustree得到我们所需要的结果

邻接法NeighborJoining。当所考虑的谱系间进化速率可变时，邻接法特别适用。邻接法能给出枝长最小平方估计的序列，即能最真实的反映序列间的真实距离。邻接法得到的进化树也是无根树.

最小进化法MinimumEvolution。该方法和邻接