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肠道微生物屎肠球菌F111G基因组学分析

目录

肠道微生物屎肠球菌F111G基因组学分析（1）．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

一、内容概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.2文献综述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

二、材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

2.1实验样本简介．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

2.1.1肠道细菌——屎肠球菌概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

2.1.2F111G株系的选择标准．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

2.2基因测序技术应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

2.2.1DNA提取与质量控制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

2.2.2高通量测序策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

2.3数据处理与分析手段．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

2.3.1序列拼接与注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

2.3.2比较基因组学研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

三、结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

3.1基因组特征解析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

3.1.1基因组结构特点．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

3.1.2关键基因定位．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

3.2功能基因分布．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

3.2.1抗药性相关基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

3.2.2代谢路径中的角色．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

四、讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

4.1结果解读与比较．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

4.2对疾病影响的潜在机制探讨．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

4.3局限性与未来研究方向．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

五、结论与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

肠道微生物屎肠球菌F111G基因组学分析（2）．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

一、内容概览．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

1.2文献综述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

1.3研究目的与问题陈述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

二、材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

2.1实验材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

2.1.1菌株及其培养条件．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39

2.1.2主要试剂与仪器．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39

2.2实验方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

2.2.1基因组DNA提取技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．