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药物设计中的GROMACS应用案例
引言
GROMACS是一个广泛应用于分子动力学模拟的软件包,特别是在药物设计领域。通过模拟药物分子与靶点蛋白的相互作用,研究者可以深入了解药物的活性机制,优化药物分子结构,提高药物的效力和选择性。本节将通过具体的案例来展示GROMACS在药物设计中的应用,包括模拟流程的设置、参数的选择、结果的分析等。
案例一:药物-蛋白质复合物的分子动力学模拟
背景
在药物设计中,药物-蛋白质复合物的分子动力学(MD)模拟是研究药物与靶点蛋白相互作用的重要手段。通过MD模拟,可以观察药物分子在蛋白质活性位点中的动态行为,评估
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