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基于深度学习的基因测序大数据处理框架构建研究
目录
内容概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.1.1基因测序技术发展概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
1.1.2深度学习技术发展概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
1.1.3基因大数据处理面临的挑战．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
1.2国内外研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
1.2.1基因测序数据处理方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
1.2.2深度学习在生物信息学中的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
1.2.3现有框架的局限性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
1.3研究目标与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18
1.3.1主要研究目标．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
1.3.2核心研究内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
1.4技术路线与研究方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
1.4.1总体技术路线．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
1.4.2采用的研究方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
1.5论文结构安排．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
相关理论与技术基础．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
2.1基因测序数据概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
2.1.1基因组与测序原理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
2.1.2主要测序技术类型．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
2.1.3常见测序数据格式．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
2.2深度学习基础理论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33
2.2.1神经网络基本结构．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35
2.2.2典型深度学习模型介绍．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
2.2.3深度学习训练优化方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37
2.3大数据处理相关技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
2.3.1分布式计算框架介绍．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39
2.3.2数据存储与管理技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
2.3.3数据预处理与特征工程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41
基于深度学习的基因数据处理方法研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42
3.1基因序列特征提取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43
3.1.1序列表示方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44
3.1.2特征工程策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46
3.2基于深度学习的序列分析模型．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47
3.2.1模型架构设计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49
3.2.2典型模型应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50
3.3基于深度学习的变异检测方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．52
3.3.1变异识别模型．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．
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