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QVALUE:TheManual
Version1.0
AlanDabneyandJohnD.Storey
DepartmentofBiostatistics
UniversityofWashington
Email:jstorey@
March2003;UpdatedJune2003;UpdatedJanuary2004
TableofContents
1.Introduction……….Page1
2.Citingthissoftware………………...……………...Page1
3.HowtoinstallQVALUE…..………..Page2
4.HowtouseQVALUEinpoint-and-clickmode…Page2
5.HowtouseQVALUEincommandlinemode...…Page4
6.Howtousetheq-valueplotstomakedecisionsPage7
7.Whatisaq-value?(Aprimer)……….…Page8
8.Frequentlyaskedquestions………..Page10
9.References………Page12
1.Introduction
ThisdocumentprovidesinstructionsforhowtousetheQVALUEsoftwarepackage,as
wellasashorttutorialonfalsediscoveryratesandq-values.Ifyouareunfamiliarwith
falsediscoveryratesandq-values,thenitmaybehelpfultoreadSection7onpage8
first.
2.Citingthissoftware
TheQVALUEsoftwareinvolvesresearchdonebyDavidSiegmund,JohnStorey,
JonathanTaylor,andRobTibshirani.ThesoftwarewaswrittenbyAlanDabneyandJohn
Storey.Pleaseciteatleastoneofthefollowingarticleswhenreportingresultsfromthe
software.
StoreyJD.(2002)Adirectapproachtofalsediscoveryrates.JournaloftheRoyal
StatisticalSociety,SeriesB,64:479-498.
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