‘苟当3号’水稻叶绿体基因组特征分析.pdfVIP

分子植物育种，2025年，第23卷，第5期，第1420-1429页

MolecularPlantBreeding2020.V01.23..5,1420-1429

研究报告

ResearchReport

“苟当3号水稻叶绿体基因组特征分析

吴朝昕徐海峰刘雪薇*李祖军朱速松

贵州省农业科学院水稻研究所，贵阳，550006

*通信作者163.com

摘要为了探明‘苟当3号水稻叶绿体基因组特征及系统发育关系。本研究以‘苟当3号水稻DNA为材

料，使用NovaSeq测序平台进行高通量测序，并进行组装、注释、图谱构建、密码子偏好分析、SSR位点分析及系

统发育树分析。结果表明：(1)苟当3号’水稻叶绿体基因组总长134551bp，由一个大单拷贝区(80604bp)，

一个小单拷贝区(12343bp),，以及两个反向互补区(20802bp)组成。(2)在‘苟当3号’水稻叶绿体基因组中共

检测到136个基因,其中90个蛋白编码基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因。在检测出的136个基因

里有21个基因含有内含子，内含子长度最长的是trnK-UUU,为2488bp，而内含子长度最短的是rpl16,为

125bp。(3)苟当3号’水稻叶绿体基因组中密码子使用频率最高的是亮氨酸，最低的是半胱氨酸，且密码子偏好

A/T碱基结尾。(4)共检测到17个长重复序列和128个简单重复序列，有81.25%的简单重复序列是由A/T组成，

表明大多数简单重序列位点具有A/T碱基偏好性。(5)苟当3号与其他21个稻属物种叶绿体基因组的系统发

育分析结果表明，“苟当3号与梗稻的亲缘关系更近，其次稻与梗稻在进化树中处于不同的分支。该研究

获得了“苟当3号的叶绿体基因组特征信息，为“苟当3号’的系统进化和遗传育种研究提供理论依据。

关键词水稻；苟当3号；叶绿体基因；系统发育分析

CharacterizationAnalysisofChloroplastGenomeofGoudang3

WuChaoxinXuHaifengLiuXuewei*LiZujunZhuSusong

GuizhouRiceResearchInstitute,GuizhouAcademyofAgriculturalSciences,Guiyang,550006

*Correspondingauthor,163.com

DOI:10.13271/j.mpb.023.001420

AbstractToexplorethechloroplastgenomefeaturesandphylogeneticrelationshipofGoudang3.TotalDNAof

Goudang3wasusedtosequencebyNovaSeq,thehigh-throughputsequencingplatform.Andthenthechloroplast

genomeofGoudang3wasconstructedtoassembly,annotated,genemap,codonbias,SSRdetectionandconstruct

phylogenetictree.Theresultsshowedthat:(1)ThechloroplastgenomeofGoudang3exhibitedatypicalfour-stage

structurewithalengthof134551bpandwascomposedofalargesingle-copyregion(80604bp),asmallsin-

gle-copyregion(12343bp)andtwoinvertedrepeatregions(20802bp).(2)Atotalof136geneswereannotatedin

thechloroplastgenomeofGoudang3,including90protein-codinggenes,38tRNAgenesand8rRNAgenes.Among

the136genesdetected,21genescontainintrons.TheintronlengthoftrnK-UUUgeneisthelongest,248