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生物信息学在蛋白质相互作用网络分析中的应用
目录
一、内容概览．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.1.1蛋白质相互作用的生物学重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.1.2蛋白质相互作用研究的挑战．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
1.2生物信息学概述及其在分子生物学中的作用．．．．．．．．．．．．．．．．．8
1.3蛋白质相互作用网络分析的目标与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
二、蛋白质相互作用网络的基本概念．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
2.1蛋白质相互作用定义与类型．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
2.2蛋白质相互作用网络的结构特征．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
2.2.1网络拓扑参数．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
2.2.2模式与模块．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
2.3蛋白质相互作用数据的来源与类型．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
2.3.1实验数据来源．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
2.3.2计算预测数据来源．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22
三、生物信息学工具与资源．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
3.1蛋白质相互作用数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26
3.1.1主要的实验验证数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
3.1.2预测性相互作用数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
3.2蛋白质相互作用网络分析软件与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
3.2.1网络构建与可视化工具．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
3.2.2网络拓扑分析工具．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
3.2.3功能注释与通路分析工具．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33
四、基于生物信息学的蛋白质相互作用网络分析方法．．．．．．．．．．．34
4.1网络构建与整合．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
4.1.1多源数据融合策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37
4.1.2质量控制与过滤．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
4.2网络拓扑特性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
4.2.1关键参数计算．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45
4.2.2网络模型拟合与验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45
4.3功能模块识别与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46
4.3.1蛋白质聚类与模块发现．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．48
4.3.2模块功能富集分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49
4.4关键蛋白质识别与鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50
4.4.1节点重要性评估方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．53
4.4.2中心蛋白质功能挖掘．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．54
4.5蛋白质相互作用网络的可视化展示．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．55
五、生物信息学在特定生物学问题的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．57
5.1信号转导通路解析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．58
5.2基因调控网络研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．59
5.3蛋白质复合物组装
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