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分子生物学与临床天津市第三中心医院刘树业
PCR技术在临床实验室应用的价值随着分子生物学技术的发展,聚合酶链反应(PCR)技术已逐渐应用于遗传性疾病、肿瘤及感染性疾病等方面的诊断。.检测临床标本中病原体核酸序列。.肿瘤基因突变情况。.遗传性疾病的基因序列。.人类白细胞表面抗原(HLA)配型。.法医学方面的鉴定工作。
优点:灵敏度高,理论上,只要标本中含有一个分子的DNA或RNA就可以作出诊断。特异性强,对于一个19核苷酸的引物来说,非特异性配对的概率为419=2.75*1011这表示要与这19个碱基的排列顺序完全相同时需要的基因组DNA片段的最小长度,而人的基因组长度为3*109碱基对,以克服血清学诊断有交叉反应的缺陷。可以早期诊断,如在HCV的感染中,第一周内就可以检测出HCVRNA,而抗体的产生一般在第二周以后。PCR在诊断病原体感染时的优缺点
对于体液免疫力低下或使用免疫抑制剂而无抗体产生者,PCR却可以作出明确诊断。01可以对病原体作定量分析,反映病原体在机体的复制及动力学变化情况。02可对病原体进行基因分型。指导临床治疗。03
不足之处:操作复杂,技术不易被熟练掌握。价格昂贵。出于敏感性太高,操作步骤多而复杂,即使有极少量的污染也会造成假阳性。由于操作复杂,对试剂及实验条件要求严格,稍有差错就会出现假阴性。12
今后仪器和试剂的发展方向:封管、定量及自动化;1样品采集方式对PCR很重要,比操作更重要。2内标作用:操作过程的监控、控制假阴性。3从核酸提取、扩增到检测,对照与待测标本同步进行;4几点认识
禁用产物的电泳分析技术。01探针杂交技术和防污染技术的采用是一大进步。02
常用于基因扩增检测的临床标本包括EDTA或枸橼酸钠抗凝全血或骨髓、血清或血浆、痰、脑脊液、尿及分泌物等。采血液等样本时,应使用一次性密闭容器,如真空采血管。当使用非密闭采样系统时,如尿、分泌物和骨髓的采样,必须注意防止来自采样者皮屑或分泌物的污染。采样时必须戴一次性手套。玻璃器皿在使用前应高压处理,因为玻璃器皿常含有不易失活的RNA酶。最好是热灭菌,250℃烘烤4小时以上可使RNA酶永久性失活。全血和骨髓标本必须进行抗凝处理。EDTA和枸橼酸盐是首选的抗凝剂。不能使用肝素抗凝,因为肝素是Taq酶的强抑制剂,而且在其后的核酸提取步骤中很难去除。临床用于RNA(如HCVRNA)扩增检测的血标本建议进行抗凝处理,并尽快(3小时以内)分离血浆,以避免RNA的降解。如未作抗凝处理,则抽血后,必须在1小时内分离血清。一.标本的采集
用于DNA扩增检测的标本,采集后一般不需特殊的稳定化处理,但标本应及时送至实验室。由于RNA易受RNA酶的降解,因此用于RNA测定的标本有时必须进行稳定化处理,如流行病学调查的现场采样。异硫氰酸胍盐(Guanidinethiocyanate,GITC)可使DNA酶和RNA酶立即失活,因此在采集标本时,可将标本材料如血清或血浆按1∶4的比例加至含有5mol/LGITC的试管内中,从而使血清(浆)中的RNA酶不可逆失活。经上述稳定化处理后,标本一般不需要冷藏即可邮寄。对于特定的检测项目,上述稳定化处理方法的效果究竟如何,要使用相应的逆转录PCR测定方法来评价。二.标本的稳定化处理
三.标本的运送
四.标本的贮存
标本处理即核酸提取纯化是决定扩增检测成败的关键性步骤,在使用商品核酸提取试剂提取临床标本中的核酸模板前,应对其进行充分评价以验证其提取的有效性。通常,核酸制备质量不高是由于抑制物去除不完全所致,抑制物可能来源于标本本身(如血红素及其前体或降解产物)或核酸提取过程中残留的有机溶剂(如酚、氯仿等),这些物质对其后的Taq酶扩增反应步骤具有强烈的抑制作用,从而影响靶核酸的扩增测定。当标本为痰时,则必须先进行液化处理,再提取核酸。需注意的是,液化时不能加热,液化时间不能过长。此外,当靶核酸为RNA时,逆转录PCR测定失败的常见原因是标本在运送前未经充分的稳定化处理(血清或血浆按1∶4的比例加至含有5mol/LGITC的试管内中,从而使血清(浆)中的RNA酶不可逆失活)及核酸提取试剂的RNA酶的污染。对于前者,要核查测定分析前的步骤,如果发现有RNA降解的证据,实验室则应拒绝接受标本,要求重新采取标本,并对运送者给以详细的指导。对于后者,建议使用高质量的商品核酸提取试剂。0102五.标本的处理(核酸提取)
类风湿因子01补体02嗜异性抗体03嗜靶抗原的自身抗体04医源性诱导的抗鼠Ig(s)抗体05交叉反应物质06标本中其它成分的影响07一.内源性物质(影响因子)
标本溶血01标本受细菌污染02标本保存不当03标本凝集不全04标本管中添加物质的影响05二.外源性物质
PCR测定的临床应用及
测定结果的临床意义结核
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