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前景感知虚拟染色用于精确的3D细胞形态学分析
121332
AlexandrA.KalininPaulaLlanosTheresaMariaSommerGiovanniSestiniXinhaiHou
45627823
JonathanZ.SextonXiangWanIvoDinovBrianD.AtheyNicolasRivron
11125
AnneE.CarpenterBethCiminiShantanuSinghMatthewJ.O’Meara
AbstractSpotlight使用基于直方图的前景估计来屏
蔽逐像素损失，并计算软阈值预测的Dice
显微镜能够直接观察三维的细胞形态，透损失以实现形状感知学习。应用于三维基
射光方法提供低成本、低侵入性的成像，而准数据集时，Spotlight改进了形态表示同
荧光显微镜则提供了特异性和对比度。虚时保留了像素级精度，从而生成更适合下
本拟染色通过使用机器学习从无标签输入中游任务如分割和分析的虚拟染色。
译预测荧光图像来结合这些优势。然而，现
中有方法的训练通常依赖于将所有像素平等
1.介绍
1对待的损失函数，从而复制背景噪声和伪
v影而不是专注于生物意义信号。我们介绍显微镜是研究细胞状态的重要工具，能够以高空间
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8了Spotlight，这是一种简单而强大的虚拟和时间分辨率直接观察细胞形态和动力学。透射光
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5染色方法，引导模型关注相关的细胞结构。显微镜成本低、操作简便且侵入性小，使其非常适
0.1ImagingPlatform,BroadInstituteofMITandHarvard,合长期和活细胞成像。然而，它受到固有特异性低
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0Cambridge,MA02142,USAGilbertS.OmennDepart-和对比度差的限制。荧光显微镜通过利用选择性标
5mentofComputationalMedicineandBioinformatics,Uni-记细胞靶标的荧光探针大大提高了对比度，并能够
2versityofMichiganMedicalSchool,AnnArbor,MI48109,
:3同时对几种生物结构进行多路复用成像。但是，荧
vUSAInstituteofMolecularBiotechnologyoftheAustrian
iAcademyofSciences(IMBA),ViennaBioCenter(VBC),光显微镜需要更复杂且昂贵的仪器和样本制备，经
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r1030Vienna,A
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