鸡松果体昼夜节律基因表达的RNA测序分析.pdfVIP

河北科技师范学院学报，2024，38（3）：28-36.

JournalofHebeiNormalUniversityofScienceTechnologyVol.38No.3September，2024

DOI:10.3969/J.ISSN.1672-7983.2023.03.005

鸡松果体昼夜节律基因表达的RNA测序分析

葛华梁，张夕霏，任敏鹏，马怡梦，赵然，

张传生，耿立英，李祥龙

（河北科技师范学院河北省特色动物种质资源挖掘与创新重点实验室，河北秦皇岛，066004）

摘要：本次研究旨在探索白莱航鸡松果体基因在昼夜节律调控中的表达特征及其生物学意义。研究选取了

在12h光照/12h黑暗周期中饲养的白莱航鸡，并在第10d24h黑暗的情况下每隔4h取样一次，获得其松

R

果体基因表达的时间序列数据。利用语言筛选周期性表达的基因，随后应用加权基因共表达网络分析

（WGCNA）来识别表达模式相似的基因群体，并进行性状关联分析和功能富集分析，进一步用Cytoscape

筛选与昼夜节律相关的枢纽基因。结果rain算法筛选出周期性表达的基因，并利用WGCNA分析揭示了多

AANATPER2ROR1ARNTLCLOCKPER3CRY2CRY1

种节律基因（、、、、、、、）等在松果体细胞中的表达

模式，这些基因聚类到不同颜色的模块中，而且不同模块基因的表达模式存在显著差异，关联热图与富集

分析也表明不同的生物学过程在一天中的不同时间被有序激活，揭示了它们在昼夜节律调控中的重要角

色。此外利用Cytoscape的CytoHubba插件识别出的枢纽基因，进一步支持了这些发现。研究结果表明，

松果体细胞在响应和调节昼夜节律方面具有高度的复杂性和动态性。

关键词：鸡；松果体；昼夜节律；加权基因共表达网络分析

中图分类号:S831.2文献标志码：A文章编号：1672-7983（2024）03-0005-0028-09

[1]

大量研究表明，松果体是鸟类核心生物钟系统的重要组成部分，是位于脑中的一个小腺体。对

于禽类而言，松果体在调节生物节律、季节性繁殖和睡眠-觉醒周期中起着至关重要的作用，它参与

调节许多生理过程，例如性腺活动、促性腺[2-5]

激素分泌等。另外有研究表明，鸡松果体细胞包含昼

夜节律系统的3个主要组成部分：自我维持的振荡器、光输入途径以及通过褪黑素的节律性产生表现

的外显输出[6]。目前，针对鸡松果体的研究主要聚焦于Clock，Per等关键生物钟基因的表达模式及其

[7-9][10]

功能。尽管已有研究确认鸡松果体在调控生物节律中具有重要作用，但其精确的作用机制尚未

完全明晰。特别是在基因表达调控这一层面，关于鸡松果体如何适应环境变化以及这些变化如何影响

其生理和行为模式的认识仍然十分有限。

为此，笔者通过分析白莱航鸡松果体基因的表达特征及其在昼夜节律调控中的作用，应用周期性

基因筛选、WGCNA网络构建及枢纽基因识别等方法，以期为揭示鸡松果体基因在昼夜节律调控中的

分子机制提供理论依据，并为禽类昼夜节律相关的生理过程研究和实际生产中的应用提供参考。

1材料与方法

1.1数据的获取和过滤

本次研究数据来自于一项对鸡昼夜节律转录调控的研究。研究的白莱航鸡（Gallus

Domesticus）饲养在12h光照/12h黑暗的24h周期中，饲养9d后，第10d调至24h黑暗，每隔4h

取样一次，通过高通量测序获得的鸡松果体基因表达谱的时间序列，基础数据来源于公开的转录组数

据库（访问编号：GSE104414）。该数据集包含了在不同昼夜时间点（0:00、4:00、8:00、12:00、

16:00、20:00）收集的鸡松果体样本的RNA测序信息，每个时间点包含3个生