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第三章关键词或词组为基础的数据库检索(I)生物信息学
检索数据库的方法用关键词或词组进行数据库检索(Text-baseddatabasesearching)用核苷酸或蛋白质序列进行数据库检索(Sequence-baseddatabasesearching)GenenameAuthorAccessionnumber…Database
关键词或词组为基础的数据库检索关键词名词、描述性词、词组序列注册号(Accessionnumber)检索体系NCBIEntrezSequenceRetrievalSystem(SRS)Integrateddatabaseretrievalsystem(DBGET)TrendsinBiotechnology1998,16(supplement1):3-5.最准确可靠
检索须知（1）连接词AND,OR,NOT（Booleanoperators）riceANDenzyme(AND为缺省值，可略去)riceANDenzymeNOTkinaseretrotransposonORretroelement注意事项：1、AND,OR,NOTmustbeenteredinUPPERCASE2、Booleanoperatorsareprocessedinaleft-to-rightsequencericeAND(microarrayORexpressionprofile)riceANDmicroarrayORexpressionprofile3、Theordercanbechangedbyenclosingindividual
conceptsinparentheses(processedfirst)PubMed27000records504records
检索须知（2）用引号将两个单词组成一个词组16SrRNA=16SANDrRNA“16SrRNA”pseudopod*=pseudopodORpseudopodiaORpseudopodiumNucleotide16SrRNA“16SrRNA”~380000sequences~3300000sequencesexactmatchwildcard,*,放在单词后使检索范围扩大，但专一性降低表示范围,:,连接前后关键词，限定范围110:500[SequenceLength]2009/3/1:2009/9/30[PublicationDate]
1.EntrezNCBI的检索体系优点：三种检索体系中最容易操作的体系，帮助文档完备EntrezHelp
Entrez可对6大类40个数据库进行检索NucleicAcidsResearch2013,41:D8-D20
Entrez可对6大类40个数据库进行检索针对基因组已测序完成的物种针对GenBank中具有大于7万条EST的物种Prokaryotic,chloroplast,mitochondrial,virus,protist,plant针对17个广泛研究的模式生物
Entrez系统中数据库之间的连接01NCBI主页选择“AllDatabases”或Entrez主页，输入关键词02各个数据库中检索到的信息数量03点击相应数据库查看信息目录，每一条信息与其它数据库的相关信息链接04检索方法（1）：跨库检索(cross-databasesearch)05
检索方法（2）：选择数据库检索NCBI主页选择数据库，输入关键词检索到的信息目录，每一条信息与其它数据库的相关信息链接查看信息内容
序列数据库的搜索——精简搜索结果查询insulin基因的序列不是想要的结果！如何精简？
精简搜索结果的方法1：使用Limits
查询人（human）的insulin基因的序列关键词[查询范围]:insulin[title]human[organism]精简搜索结果的方法2：使用Advancedsearch
如何定义查询范围？LOCUSDQ1764241980bpDNAlinearPLN12-MAR-2006DEFINITIONOryzasativa(indicacultivar-group)pathogen-induceddefense-responsiveprotein8(DR8)gene,completecds.VERSIONDQ176424.1G
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