茄子果皮转录组SSR位点分析及标记开发.pdfVIP

北园

2024(21):1-8NorthernHorticulture研究论文

doi:10.11937/bfyy

王宏，聂智星，杨舒桓，邵志勇，王同林，郑积荣.茄子果皮转录组SSR位点分析及标记开发JI万元,2024(21):1-8.

茄子果皮转录组SSR位点分析及标记开发

王宏，聂智星，杨舒桓²，邵志勇1，王同林，郑积荣1

（1.杭州市农业科学研究院蔬菜研究所，浙江杭州310024；2.华中农业大学植物科学技术学院，湖北武汉430070）

摘要：以茄子（SolanummelongenaL.）果皮样品转录组的36568条转录本为试材，

采用MISA（MicroSAtellite)软件进行SSR位点搜索，研究SSR位点的分布频率和特征，同

时利用Primer3.0软件对检索出的SSR位点设计引物，验证引物有效性，以期为茄子的种

质鉴定、亲缘关系分析、分子标记辅助育种及遗传图谱构建等提供参考依据。结果表明：在

转录本中共检测出9775个SSR位点，分布于6289条转录本上，平均5.49kb存在1个

SSR位点，发生频率26.73%。SSR位点特征分析显示，单核苷酸为优势重复基元类型，占

SSR位点总数的47.67%；A/T基元是数量最多的重复基元，占总数的46.13%；97.91%的

重复基元的重复次数在5～25，92.21%的SSR重复序列长度分布在10～30bp。对所有

SSR位点进行引物设计，共获得6619对EST-SSR引物。随机选择27对EST-SSR引物在

12个茄子自交系中进行PCR扩增，引物有效性为92.59%，多态率为33.33%。

关键词：茄子（SolanummelongenaL.）；果皮转录组；SSR位点；标记开发

中图分类号：S641.1文献标识码：A文章编号：1001—0009(2024)210001—08

茄子是我国主要的蔬菜作物之一，在全国各简单序列重复（SSR）标记基于串联重复的

地均有栽培[1]。FAO数据显示，2022年我国茄DNA序列开发[3]，是分子标记中重要的一种类

子种植面积约81.81万hm²，产量达38.3万kg型，具有多态性高、共显性遗传、技术简单、重复性

(https:///faostat/)。近年来，随好、特异性强等特点[4-5]，在茄子遗传育种研究中

着分子生物学的发展，与茄子相关的分子标记研发挥重要作用。首先，SSR分子标记是茄子杂交

究越来越多。分子标记在茄子遗传资源分析、基种鉴定的主要技术之一。蔚亚楠等[6]、林珲等[7]、

因和QTL定位、标记辅助选择、遗传进化解析等谭枫等[8]利用SSR分子标记技术对茄子杂交种

方面发挥重要作用[2]进行纯度鉴定，均取得了不错的效果。其次，SSR

分子标记也是茄子遗传图谱构建、基因或QTL

第一作者简介：王宏（1981一），女，硕士，高级农艺师，现主定位研究方面的重要工具。张环宇等[9]利用F2

要从事蔬菜育种与栽培等研究工作。E-mail:hong-群体，基于SSR标记和AFLP标记构建了一张包

wang201010@163.com.含14个连锁群的复合遗传图谱，同时获得与果

责任作者：郑积荣（1969一），男，硕士，研究员，现主要从事蔬长、果径、果形和花青素积累指数相关的QTL；郑

菜遗传育种等研究工作。E-mail:topzheng2003@163.com更弟[101利用F2.3群体，基于SSR标记和InDel标

基金项目：杭州市市院合作资助项目（杭农[2021]58号）；记，构建了一张包含12个连锁群的遗传图谱，同

杭州市农业科学院科技创新与示范推广基金资助项目

时对茄子抗黄萎病性状进行了QTL分析。最

（2022HNCT-02）；浙江省农业（蔬菜）新品种选育重大科