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基于比较基因组学解析猪经济性状相关InDel的遗传密码

一、引言

1.1研究背景与意义

猪肉作为我国居民最主要的肉类消费品，在肉类消费结构中始终占据主导地位。据相关数据显示，截至2022年，猪肉在我国肉类消费中的占比约为55%-60%，中国猪肉产量更是接近全球猪肉产量的一半，达44.47%。这充分表明猪肉在我国饮食文化和消费市场中的关键地位，对保障居民的营养摄入和生活质量起着重要作用。

经过长期的发展，我国养猪业已成为关系国计民生的重要支柱性产业。然而，目前我国生猪种业与国外先进水平仍存在显著差距。在育种结构上，我国核心群数量普遍偏少，遗传基础狭窄，导致近交增量过大，遗传改良速度缓慢。同时，繁殖场与核心场界限模糊，数量不足，使得优秀猪群难以有效扩散和大量繁殖，错失市场机遇。育种观念的落后也是一大问题，多数种猪场过于注重眼前利益，缺乏长远战略规划，各自为战，缺乏协作精神，无法进行有效的场间遗传评价。育种手段上，许多种猪场仍依赖原始的测定设备和仪器，信息技术应用不足，资料分析和利用效率低下，严重影响了选种的准确性和育种周期。此外，缺乏统一的组织记录系统、测定方法单一落后、人工授精技术推广普及程度不高以及遗传评估系统不完善等问题，也制约着我国生猪种业的发展。这些差距使得我国在国际生猪种业竞争中处于劣势，每年需花费大量外汇从国外引进种猪，不仅增加了生产成本，还面临种猪退化和种源供应风险。

随着现代生物技术的飞速发展，从基因组层面深入解析猪经济性状的遗传机制成为提升我国生猪种业竞争力的关键。猪的经济性状，如生长速度、繁殖性能、肉质品质等，受到众多基因的复杂调控。通过比较基因组方法，能够全面、系统地研究不同猪种基因组的差异，挖掘与经济性状紧密相关的遗传标记，如插入/缺失（InDel）变异。InDel是指DNA序列中插入或缺失一个或多个核苷酸的突变类型，在基因组中相对常见，人类基因组中约有1-2%的单碱基插入/缺失。这些变异可能直接影响基因的结构和功能，或者通过调控基因表达间接影响猪的经济性状。对InDel变异的研究，有助于揭示猪经济性状的遗传基础，为分子标记辅助选择、基因编辑等现代育种技术提供理论依据和实用工具，从而加速猪的遗传改良进程，提高育种效率和准确性，培育出具有自主知识产权、适应我国养殖环境和市场需求的优良猪种，推动我国生猪种业的可持续发展，提升我国养猪业的国际竞争力，保障我国的猪肉供应安全和质量。

1.2猪经济性状概述

猪的经济性状涵盖多个方面，这些性状不仅相互关联，还直接或间接影响着养猪业的经济效益和猪肉产品的质量。深入了解这些性状，对于优化猪的育种策略、提高养殖效益以及满足市场需求具有重要意义。

1.2.1繁殖性状

繁殖性状是猪养殖中至关重要的经济性状之一，对养猪场的经济效益起着决定性作用。母猪的繁殖性能直接影响仔猪的产量和质量，进而影响整个养殖产业的收益。产仔数是衡量母猪繁殖能力的关键指标，包括总产仔数和活产仔数。总产仔数反映了母猪一次分娩所产仔猪的总数，而活产仔数则更能体现母猪实际提供健康仔猪的能力。母猪的平均产仔数在10-14头之间，但不同品种和个体之间存在较大差异。高繁殖力的母猪能够为猪场提供更多的仔猪，降低仔猪的生产成本，提高养殖效益。产仔数受多种因素影响，包括遗传因素、母猪的营养状况、配种管理以及环境因素等。一些优良品种，如太湖猪，以其高产仔数而闻名，平均窝产仔数可达15头以上。母猪的年龄、体况以及疾病状况也会对产仔数产生影响。初生重和断奶重也是重要的繁殖性状。初生重直接关系到仔猪的生命力和生长潜力，初生重大的仔猪通常具有更强的免疫力和生长优势，在后续的生长过程中更容易存活和快速生长。断奶重则反映了仔猪在哺乳期的生长发育情况，较高的断奶重意味着仔猪在断奶后能够更快地适应新的饲料和环境，生长速度更快，降低育肥阶段的死亡率。研究表明，断奶重每增加1千克，育肥期可缩短7-10天，这对于提高养殖效率和降低成本具有显著作用。母猪的泌乳能力、仔猪的健康状况以及哺乳期的饲养管理都会对断奶重产生重要影响。

初生重和断奶重也是重要的繁殖性状。初生重直接关系到仔猪的生命力和生长潜力，初生重大的仔猪通常具有更强的免疫力和生长优势，在后续的生长过程中更容易存活和快速生长。断奶重则反映了仔猪在哺乳期的生长发育情况，较高的断奶重意味着仔猪在断奶后能够更快地适应新的饲料和环境，生长速度更快，降低育肥阶段的死亡率。研究表明，断奶重每增加1千克，育肥期可缩短7-10天，这对于提高养殖效率和降低成本具有显著作用。母猪的泌乳能力、仔猪的健康状况以及哺乳期的饲养管理都会对断奶重产生重要影响。

1.2.2生长性状

生长性状在生猪养殖中占据着核心地位，直接影响着养殖的经济效益和生产