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中国畜牧兽医2024,51(1)：160-171

ChinaAnimalHusbandryVeterinaryMedicine

晋南牛遗传结构特征及选择信号分析

戎艳花1，贾雪纯，李鹏飞，田国富²，朱芷葳1

（1.山西农业大学生命科学学院，太谷030801；2.运城市畜牧兽医发展中心，运城044000）

摘要：【目的】阐明晋南牛的遗传结构特征，通过选择信号检测挖掘与晋南牛经济性状相关的候选基因，探究其

在进化过程中的受选择情况。【方法】对晋南牛和红安格斯牛全基因组测序数据进行分析，鉴定2个群体的单核苷

酸多态性（singlenucleotidepolymorphism，SNP)标记，分析其在基因组的位置及其结构特征，基于SNP信息进行主

成分分析（PCA）、构建状态同源矩阵（IBS）；采用群体遗传分化指数（Fst)和核苷酸多样性比值（0元）方法联合筛选晋

南牛基因组受到强烈选择的区域,并对筛选到的受选择基因进行数量性状基因座（QTL)定位、GO功能和KEGG

通路富集分析。【结果】晋南牛群体SNPs位点主要分布于基因间区域，其次位于内含子区域。PCA和IBS分析结

果表明，晋南牛和红安格斯牛2个群体间不存在杂交现象，且晋南牛群体中个体间遗传距离较远。通过Fst和0元

联合分析共筛选到188个潜在受选择区域。QTL分析结果表明晋南牛的选择信号多与生长、肉质及抗病性状相

关。GO功能和KEGG通路富集分析显示，筛选到晋南牛强受选择的与经济性状相关的候选基因11个，包括组织

蛋白酶1(CATHL1）、CATHL3、组织蛋白酶抗菌肽（CAMP）、CATHL4、RAS1激酶抑制因子（KSR1）、梅氏同源框

1(MEIS1）、不规则片段极性蛋白1(DVL1）、多梳组无名指1（PCGF1）、RB转录辅助抑制因子1（RB1）、再生家族成

员4(REG4)和卷曲类受体7(FZD7），在其外显子区域均检测到了SNP位点；除MEIS1、PCGF1、PZD7基因外，其

他基因均存在非同义突变位点，且KSR1基因存在获得终止密码子的突变,CAMP基因存在获得终止密码子的突

变和缺失终止密码子的突变；与红安格斯牛相比，晋南牛存在6个特有的受选择基因：CATHL1、CATHL4、

CAMP、MEIS1、PCGF1、PZD7，主要与抗病性、生长和骨骼肌发育等相关。【结论】本研究从全基因组水平探究了

晋南牛的遗传结构及选择信号特点，筛选出6个可能与晋南牛经济性状相关的候选基因，为后续晋南牛保种选育、

特色性状形成的分子机制研究提供理论参考。

关键词：全基因组重测序；晋南牛；红安格斯牛；遗传距离；选择信号

中图分类号：S823.8文献标识码：A

Doi:10.16431/ki.1671-7236.2024.01.017开放科学（资源服务）标识码（OSID)：

AnalysisofGeneticStructureCharacteristicsandSelectionSignalinJinnanCattle

RONGYanhua,JIAXuechun,LIPengfei,TIANGuofu’,ZHUZhiweil

(l.CollegeofLifeScience,ShanziAgriculturalUniversity,Taigu03080l,China;

2.YunchengAnimalHusbandryandVeterinaryDevelopmentCenter,Yuncheng044000,China)

Abstract:

characteristicsofJinnancattle,andexplorecandidategenesrelatedtoeconomictraitsinJinnan

cattlethroughselectionsignaldetection,inordertoexploretheselectionstatusduringthe

evolutionaryprocess.[MethodWholegenomesequencingdataofJi