主动脉瘤单细胞转录组的系统性分析与探索.pdfVIP

  • 6
  • 0
  • 约5.77万字
  • 约 10页
  • 2025-08-31 发布于江西
  • 举报

主动脉瘤单细胞转录组的系统性分析与探索.pdf

上海交通大学学报(医学版)

Vol.45No.6Jun.2025735

JOURNALOFSHANGHAIJIAOTONGUNIVERSITY(MEDICALSCIENCE)

论著·基础研究

主动脉瘤单细胞转录组的系统性分析与探索

张星语,李若谷

上海市胸科医院,上海交通大学医学院附属胸科医院心内科,上海200030

[摘要]目的·利用单细胞RNA测序(single-cellRNAsequencing,scRNA-seq)技术探究主动脉瘤(aorticaneurysm,

AA)的单细胞图景。方法·通过系统性检索高通量基因表达数据库(GeneExpressionOmnibus,GEO),收集所有符合纳

入标准的数据集。使用R语言和Seurat软件包分析AA组织与正常对照组织的细胞构成占比变化;使用CellChat软件包通过

细胞受体-配体对的基因表达水平评估细胞间相互作用;使用AUCell软件包依据SenMayoSenescence基因集进行细胞衰老

程度评分并进行对比;通过将单细胞转录数据模拟为普通转录组数据,对周细胞进行差异基因筛选及基因通路富集分析。

结果·共纳入9组数据集,经质量控制及合并后获得104570个细胞的RNA计数数据,其中对照组48311个、AA组56259个。

细胞被划分为19个簇,被注释为14种细胞类型。与对照组相比,AA组的周细胞比例显著降低(P0.001),而单核/巨噬细

胞和树突状细胞的数量占比显著上升(P=0.020,P=0.045)。此外,AA组细胞相互作用多于对照组,但血管平滑肌细胞参

与的相互作用减少,周细胞与自身相互作用的强度亦有所降低。对照组特有的细胞相互作用有5种,AA组特有的细胞相互

作用有13种,其中相对信息流量最大的相互作用是SPP1。除脂肪细胞外,AA组其余细胞种类的衰老评分均显著升高(均

P0.001),衰老阳性细胞数量明显增加(P0.001),其中成纤维细胞占比最大。周细胞差异表达基因分析结果显示,AA组

相比对照组有185个基因表达上调、151个表达下调,上调幅度最大的基因为Spp1。趋化因子活动通路及CXC趋化因子受

体结合通路等促炎作用通路显著富集。结论·AA组织中的细胞构成发生显著变化,细胞间相互作用增强,细胞衰老程度

上升,Spp1是关键基因。

[关键词]主动脉瘤;单细胞测序;细胞通信;细胞衰老

[DOI]10.3969/j.issn.1674-8115.2025.06.008[中图分类号]R543.1[文献标志码]A

Systematicanalysisandexplorationofsingle-celltranscriptomesinaorticaneurysm

ZHANGXingyu,LIRuogu

DepartmentofCardiology,ShanghaiChestHospital,ShanghaiJiaoTongUniversitySchoolofMedicine,Shanghai200030,China

[Abstract]Objective·Toexplorethesingle-celllandscapeofaorticaneurysm(AA)utilizingsingle-cellRNAsequencing(scRNA-

seq)technology.Methods·Asystematicsearchof

文档评论(0)

1亿VIP精品文档

相关文档