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#软件工具#MEDIPS的介绍与应用（连载4）
薇安
后续分析函数
1、MEDIPS.selectSig()
@函数意义：
从MEDIPS.meth()计算结果中筛选显著差异的区间
@例子：
Dif_region-MEDIPS.selectSig(results=mr,p.value=0.01,adj=T,
ratio=NULL,bg.counts=NULL,CNV=F)
@参数介绍：
*results：输入信息，必须是MEDIPS.meth()函数计算的结果
*p.value：筛选显著的差异区间时选用的阈值
*adj：是否采用校正的p.value
＃软件工具＃Medips的介绍与应用（连载4）
薇安
后续分析函数
1、MEDIPS.SELECTSIG（）
@函数意义：从medips.meth（）计算结果中筛
选显着差异的区间
@例子：
dif_region‑Medips.SelectSig（result=Mr，p.Value=0.01，
adj=t，比率=null，bg.counts=null，null，cnv=f）
@参数介绍：
*结果：输入信息，必须是，Medips.meth（）函数计算
的结果*p.value：筛选显着的差异区间时选用的阈值
*adj：是否采用校正的p.value
*ratio：额外的过滤参数，根据选用的方法（ttest或edgeR），该参数
指的是MEDIPS.meth()函数计算结果中的score.log2.ratio或
edgeR.logFC信息
*bg.counts：额外的过滤参数，给定counts一列的列名，则MEDIPS会
以该列所有counts数的95%分位数作为最小的背景阈值
*CNV：是否考虑拷贝数变异
@结果：
返回的各列信息和MEDIPS.meth()计算结果一样，只不过是经过过滤
后剩余的满足条件的各个window的信息。故此处不再展示
2、MEDIPS.mergeFrames()
@函数意义：
对上一步得到的显著的差异区间进行融合
@例子
Dif_region_merge-
MEDIPS.mergeFrames(frames=dif_region,distance=1)
@参数介绍：
*frames：输入信息，必须是MEDIPS.selectSig()计算的结果
*distance：两个区间融合时的距离限制，设置为1表示相邻的区间进行
融合
@结果展示：
需要注意的是：融合后的结果中只保留了区间的坐标信息
3、MEDIPS.selectROIs()
@函数意义：
*比率：额外的过滤参数，根据选用的方法（ttest或edger），该参
数该参数medips.meth（）函数计算结果中的score.log2.ratio或
edger.logfc信息
*bg.counts：额外的过滤参数，给定计数一列的列名，则medips会
计数数的95％分位数作为最小的背景阈值
*CNV：是否考虑拷贝数变异
@结果：
返回
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