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#软件工具#Seq2pathway:一个R包用于二代数据的通路分析
瑶轩
Summary:Seq2pathway是一个用于组位点的通路(功能集合)
分析工具，适用于高级的组搜索。Seq2pathway将组位点的生
物学意义与它们的转录靶点联系起来，并将量化后的值转化为通路得
分。它被设计用来隔绝系统的扰乱并从二代数据方面阐述普通的
生物学意义。Seq2pathway为Bioconductor的使用者了方便，便
于发现由编码或者非编码原件的顺式调控引起的通路变化。
例子(chipseq)：
data(dat_chip)#加载自带文件
data(MsigDB_C5,package=seq2pathway.data)#加载MsigDB数据库C5
通路注释数据
res-gene2pathway_test(dat=head(dat_chip),DataBase=MsigDB_C5,
FisherTest=FALSE,EmpiricalTest=FALSE,method=FAIME,
genome=hg19,alpha=5,logCheck=FALSE,na.rm=FALSE,B=100,
min_Intersect_Count=1)
#dat格式为的表达矩阵，行为，列为样本；DataBase设定特
定的富集term集合；method默认为FAIME,也可以换为KS-rank,and
cumulative-rank；设定阈值。
针对另外一种输入类型数据
runseq2gene(inputfile,search_radius=150000,promoter_radius=200,
promoter_radius2=100,genomec(hg38,hg19,mm10,mm9),
adjacent=FALSE,SNP=FALSE,PromoterStop=FALSE,
NearestTwoDirection=TRUE,UTR3=FALSE)
＃软件工具＃seq2Pathway：一个r包用于二代数据的通路分析
瑶轩
：seq2Pathway是一个用于组位点的通路（功能集合）
分析工具，适用于高级的组搜索。Seq2Pathway将组位点的
生将组位点的生，并将量化后的值转化为通路得seq2Pathway为
bioconductor的使用者了方便，便，便
例子（SEQ）：
数据（dat_chip）＃加载自带文件
data（msigdb_c5，package“seq2pathway.data”）＃加载
msigdb数据库c5通路注释数据
res‑gene2pathway_test（dat=head（dat_chip），
database=msigdb_c5，fisherTest=false，pripicalTest=
false，false，方法=f
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