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第十五章??生物化学与新生物技术

基因组是生物体内全部遗传信息的集合一个物种单倍体的一套染色体DNA

几个代表物种的基因组大小

发展和应用DNA制图、测序新技术以及计算机程序，研究生命体（包括人类）全部基因组结构及功能的学科得生物体全部基因组序列鉴定所有基因的功能明确基因之间的相互作用关系阐明基因组的进化规律基因组学研究的最终目标定人类基因组中约5万个编码基因的序列及其在基因组中的物理位置，研究基因的产物及其功能。了解转录和剪接调控元件的结构与位置，从整个基因组结构的宏观水平上理解基因转录与转录后调节。从整体上了解染色体结构，包括各种重复序列以及非转录“框架序列”的大小和组织，了解各种不同序列在形成染色体结构、DNA复制、基因转录及表达调控中的影响与作用。研究空间结构对基因调节的作用。有些基因的表达调控序列与被调节基因从直线距离上看，似乎相距甚远，但若从整个染色体的空间结构上看则恰恰处于最佳的调节位置，因此，有必要从三维空间的角度来研究真核基因的表达调控规律。人类基因组计划的科学意义在于：

研究染色体和个体之间的多态性。这些知识可被广泛用于基因诊断、个体识别、亲子鉴定、组织配型、发育进化等许多医疗、司法和人类学的研究。此外，这些遗传信息还有助于研究人类历史进程、人类在地球上的分布与迁移以及人类与其他物种之间的比较。04确定人类基因组中转座子、逆转座子和病毒残余序列，研究其周围序列的性质。了解有关病毒基因组侵染人类基因组后的影响，可能指导人类有效地利用病毒载体进行基因治疗。03发现与DNA复制、重组等有关的序列。DNA的忠实复制保障了遗传的稳定性，正常的重组提供了变异与进化的分子基础。局部DNA的推迟复制、异常重组等现象则导致疾病或者胚胎不能正常发育，因此，了解与人类DNA正常复制和重组有关的序列及其变化，将对研究人类基因组的遗传与进化提供重要的结构上的依据。01研究DNA突变、重排和染色体断裂等，了解疾病的分子机制，包括遗传性疾病、易感性疾病、放射性疾病甚至感染性疾病引发的分子病理学改变及其进程，为这些疾病的诊断、预防和治疗提供理论依据。02

HistoryoftheHumanGenomeProject1990OfficialstartofHGPwith3billion$anda15yearhorizon.1999SangerCentrepublisheschromosome222001DraftGenomepublished:CeleraPublic2003Completion(almost)ofHumanGenomeCelera:CraigVenterIntl.Cons:FrancisCollins

遗传标记010203040506所有的标记都必须具有多态性由于不能对人类进行“选择性”婚配，而且人类子代个体数量有限、世代寿命较长，呈共显多态性的蛋白质数量不多，等位基因的数量不多。形态标记细胞学标记生化标记DNA分子标记

物理图是指以已知核苷酸序列的DNA片段为“路标”，以碱基对（bp，kb，Mb）作为基本测量单位（图距）的基因组图。酵母第三号染色体遗传图（右）和物理图（左）的比较

用机器进行自动测序，一次可读400－800个碱基，由于测定的序列长度有一定限制。克隆重叠群法鸟枪法

克隆重叠群法将基因组DNA切割长度为0.1Mb－1Mb的大片段，克隆到YAC或BAC载体上然后再进行亚克隆，分别测定单个亚克隆的序列再装配、连接成连续的DNA分子。这是一种自上而下（uptodown）的测序策略clone-by-clonemethod

将较长的基因片段打断，构建一系列的随机亚克隆，然后测定每个亚克隆的序列，用计算机分析以发现重叠区域，最终对大片段的DNA定序。

基因组鸟枪法测序主要步骤：1建立高度随机、插入片段大小为2kb左右的基因组文库。克隆数要达到一定数量，即经末端测序的克隆片段的碱基总数应达到基因组5倍以上。2高效、大规模的末端测序。对文库中每一个克隆，进行两端测序3序列集合。4填补缺口。有两种待填补的缺口，一是没有相应模板DNA的物理缺口，二是有模板DNA但未测序的序列缺口。

Sanger双脱氧链终止法Maxam-Gilbert化学修饰法高通量测序技术

高通量DNA序列分析技术人类基因组计划的成功很大程度上得益于有效减少DNA测序成本的技术更新。通过改良测序方法，不断提升其自动化程度，DNA测序的成本降低了100倍，从20世纪70-80年代$10/bp降低到本世纪初$0.1/bp！如果一个熟练的DNA序列分析人员采取早期80年代方法每天测定1000bp计算，人类基因组（约3×109