药物发现：分子动力学模拟_（1）.分子动力学模拟基础理论.docx

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分子动力学模拟基础理论

1.分子动力学模拟的基本概念

分子动力性模拟（MolecularDynamicsSimulation,MD）是一种计算方法，用于研究分子系统在特定温度和压力条件下的动力学行为。通过解决牛顿运动方程，MD模拟可以预测和解释分子运动、相互作用和结构变化。在药物发现领域，MD模拟被广泛应用于研究药物分子与靶点蛋白的结合机制、蛋白的构象变化以及溶剂环境对药物分子的影响等。

1.1牛顿运动方程

分子动力学模拟的核心是牛顿运动方程，描述了分子系统中每个原子的运动。假设一个分子系统包含N个原子，每个原子的位置用ri表示，质