原创力文档- 1、原创力文档（book118）网站文档一经付费（服务费），不意味着购买了该文档的版权，仅供个人/单位学习、研究之用，不得用于商业用途，未经授权，严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等，侵权必究。。
- 2、本站所有内容均由合作方或网友上传，本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺！文档内容仅供研究参考，付费前请自行鉴别。如您付费，意味着您自己接受本站规则且自行承担风险，本站不退款、不进行额外附加服务；查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档，您可以点击 这里二次下载。
- 3、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等，请点击“版权申诉”（推荐），也可以打举报电话：400-050-0827(电话支持时间：9:00-18:30)。
- 4、该文档为VIP文档，如果想要下载，成为VIP会员后，下载免费。
- 5、成为VIP后，下载本文档将扣除1次下载权益。下载后，不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
- 6、成为VIP后，您将拥有八大权益，权益包括：VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
- 7、VIP文档为合作方或网友上传，每下载1次， 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等，对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
多状态蛋白质设计与动态MPNN
*1*121
AlexAbrudanSebastianPujalteOjedaChaitanyaK.JoshiMatthewGreenig
3431
FelipeEngelbergerAlenaKhmelinskaiaJensMeilerMicheleVendruscolo
TuomasP.J.Knowles1
Abstract1.介绍
蛋白质的构象多样性支撑了诸如酶催化、蛋白质识
别、变构作用、蛋白质进化调控或人类疾病等生物学
结构生物学长期以来一直被一个序列，一
个结构，一个功能模型所主导，然而许多功能(Monzonetal.,2016)。特别重要的是生物开关
的设计，这在生物技术中具有巨大的意义例如，尤其
本关键的生物过程——从酶催化到膜转运
是在创建人工电机、信号通路、生物传感器或药物递
译——都依赖于能够采用多种构象状态的
中蛋白质。现有的多状态设计方法依靠对送系统(SteinAlexandrov,2015;Praetoriusetal.,
1单态预测的事后聚合，在实验成功率上2023)方面。尽管大多数已知的开关在一个单一折叠
v与单态设计相比表现较差。我们引入了背景下发生重排(AmbroggioKuhlman,2006a)，
8但变形蛋白类在二级结构和折叠上发生变化（图
3DynamicMPNN，这是一种逆折叠模型，
9通过跨构象集合的联合学习来明确训练生1a），并且预计可代表PDB链中的高达4%(Porter
1
2成与多种构象兼容的序列。在涵盖CATHLooger,2018)。这些蛋白质已知具有两种主要的功
7.超家族75%的46,033个构象对上进行训能状态(DishmanVolkman,2018)和有限数量的
0练，并使用AlphaFold初始猜测进行评构象（见讨论），因此本研究不是针对采用连续构象
5
2估，DynamicMPNN在我们的具有挑战性景观的蛋白质序列设计（例如内在无序蛋白(Tompa
:
v的多态蛋白质基准测试中，在结构归一化Fuxreiter,2008)）。
i
x
r的RMSD方面比ProteinMPNN高出最多多态蛋白设计首次通过理性设计和基于物理学的
a
13%。RosettaDesign(LiuKuhlman,2006)实现：变形金
文档评论（0）