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基于三阶马尔科夫模型与最大流的模体识别算法：原理、应用与优化

一、引言

1.1研究背景与意义

生物信息学作为一门交叉学科，融合了生物学、数学、计算机科学等多领域知识，旨在解析海量的生物数据，揭示生命现象背后的奥秘。在生物信息学众多研究方向中，模体识别占据着关键地位，它是理解生物分子功能和基因调控机制的核心环节。

模体（motif）是指在生物序列（如DNA、RNA或蛋白质序列）中，具有特定结构和功能的短小保守序列片段。这些模体蕴含着丰富的生物学信息，它们参与了基因的转录、翻译、调控等重要生命过程。以转录因子结合位点模体为例，转录因子通过与基因启动子区域的特定模体结合，启动或抑制基因的转录过