系统发育树构建.pptVIP

分子进化分析——

系统发生树的构建;分子系统发育分析;

;;第五页，共四十三页。;找到建树目的基因（基因组）

进行多序列比对;ClustalX（序列比对软件）

ModeltestMrModeltest(碱基替换模型筛选软件)

PHYLIP

MEGA

PHYML

PAUP

BEAST

Figtree(树形显示软件）

TreeView（树形显示软件）;Distance-basedmethods基于距离的方法

Unweightedpairgroupmethodusingarithmeticaverage(UPGMA)非加权分组平均法

Minimumevolution(ME)最小进化方法

Neighborjoining(NJ)邻位归并法

Character-basedmethods基于特征的方法

Maximumparsimony(MP)最大简约法

Maximumlikelihoodmethod(ML)最大似然法

计算速度

距离法最大简约法最大似然法

;第九页，共四十三页。;系统发育树建立方法;第十一页，共四十三页。;第十二页，共四十三页。;第十三页，共四十三页。;第十四页，共四十三页。;第十五页，共四十三页。;第十六页，共四十三页。;CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clus