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通城猪与大白猪胎儿期背最长肌miRNA测序及多组学整合解析肌肉发育遗传机制

一、引言

1.1研究背景

猪肉作为全球范围内广泛消费的肉类之一，其品质和产量一直备受关注。通城猪作为中国地方优良猪种，主要分布于湖北幕阜山低山丘陵地区，中心产区在通城县，具有早熟易肥、骨细、瘦肉率较高、肉质细嫩等特点，深受消费者喜爱。然而，通城猪也存在一些不足之处，例如腿臀不够丰满，体质结构疏松。与之相对，大白猪原产于英国，是世界著名的瘦肉型猪种，具有生长速度快、饲料转化率高、瘦肉率高等优点，在全球养猪业中占据重要地位。但大白猪在肉质方面，如肌内脂肪含量、肉的风味等，往往不如一些地方猪种。

猪的肌肉发育是一个复杂的生物学过程，受到多种基因和信号通路的精确调控。在胎儿期，猪的背最长肌经历着快速的生长和分化，这一时期的发育状况对其出生后的生长性能和肉质品质有着深远影响。背最长肌作为猪体最重要的肌肉之一，不仅在运动和支撑身体方面发挥关键作用，其肉质特性也直接关系到猪肉的品质和市场价值。因此，深入研究通城猪和大白猪胎儿期背最长肌的发育机制，对于理解猪的肌肉生长规律、改善猪肉品质以及推动猪育种技术的发展具有重要意义。

近年来，随着分子生物学技术的飞速发展，微小核糖核酸（microRNA，miRNA）在生物发育过程中的重要调控作用逐渐被揭示。miRNA是一类长约22nt的非编码小RNA，通过与靶mRNA的3’UTR区互补配对，抑制mRNA的翻译过程或促使其降解，从而在转录后水平对基因表达进行调控。在猪的肌肉发育过程中，miRNA参与了成肌细胞的增殖、分化、融合以及肌纤维类型的转换等关键生物学过程。不同品种猪在肌肉发育过程中，miRNA的表达谱存在显著差异，这些差异可能是导致不同品种猪肉质和生长性能差异的重要原因之一。

1.2研究目的和意义

本研究旨在通过对通城猪和大白猪胎儿期背最长肌进行miRNA测序，并结合转录组和蛋白质组数据进行整合分析，全面、系统地揭示猪肌肉发育的遗传调控机制。具体而言，本研究期望实现以下目标：

鉴定通城猪和大白猪胎儿期背最长肌中差异表达的miRNA，分析其在不同发育阶段的表达模式和功能，挖掘与肌肉发育相关的关键miRNA。

通过miRNA与转录组、蛋白质组的关联分析，构建miRNA-mRNA-蛋白质调控网络，深入解析miRNA在猪肌肉发育过程中的调控通路和分子机制。

验证关键miRNA及其靶基因的相互作用关系，为进一步阐明猪肌肉发育的分子调控机制提供实验依据。

本研究的成果将为猪的遗传育种提供重要的理论基础和潜在的分子标记，有助于推动猪育种技术的创新和发展，实现优质、高产猪品种的选育。通过深入了解猪肌肉发育的遗传机制，可以为养猪业提供科学的饲养管理和营养调控策略，提高猪肉的品质和产量，满足消费者对高品质猪肉的需求，促进养猪业的可持续发展。

1.3国内外研究现状

在猪的品种研究方面，国内外学者对通城猪和大白猪进行了大量的研究。国内对通城猪的研究主要集中在其品种特性、繁殖性能、肉质特性等方面。研究发现通城猪具有早熟易肥、肉质细嫩等优良特性，但也存在生长速度相对较慢、瘦肉率有待进一步提高等问题。国外对大白猪的研究则侧重于其生长性能、饲料利用率、抗病能力等方面，大白猪以其快速的生长速度和高瘦肉率成为全球养猪业的重要品种。

在miRNA测序技术应用于猪肌肉发育研究方面，近年来取得了显著进展。新一代高通量测序技术的出现，使得大规模、全面地鉴定猪肌肉组织中的miRNA成为可能。通过对不同品种猪、不同发育阶段的肌肉组织进行miRNA测序，研究人员发现了许多与肌肉发育相关的miRNA，并初步揭示了它们在肌肉发育过程中的调控作用。例如，有研究通过对荣昌猪肌肉发育过程中的miRNA测序，发现miRNA-664-5p在屠宰上市日龄荣昌猪背最长肌的表达显著高于断奶日龄，且该miRNA通过靶向SRF和Wnt1抑制成肌细胞分化。

在多组学整合分析研究方面，国内外学者已经开始尝试将转录组学、蛋白质组学和miRNA组学等多组学技术相结合，以全面解析猪肌肉发育的分子机制。通过整合分析不同组学数据，可以构建更加完整的基因调控网络，深入揭示miRNA与mRNA、蛋白质之间的相互作用关系。在对民猪和大白猪背最长肌的研究中，通过构建数字基因表达谱并进行差异表达基因分析，筛选出了多个与肌内脂肪含量、脂类代谢、肉色、嫩度和肌肉生长发育相关的基因或转录子。然而，目前关于通城猪和大白猪胎儿期背最长肌的miRNA测序及其与转录组和蛋白质组的整合分析研究仍相对较少，这为进一步深入研究猪肌肉发育的遗传机制留下了广阔的空间。

二、材料与方法

2.1实验材料

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