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生物信息分析师考试试卷
一、单项选择题(共10题,每题1分,共10分)
以下哪项是短读长测序数据与参考基因组比对的常用工具?
A.Minimap2(三代测序比对工具)
B.BWA(短读长比对工具)
C.HMMER(蛋白质结构域分析工具)
D.IGV(基因组可视化工具)
答案:B
解析:BWA(Burrows-WheelerAligner)专门用于Illumina等短读长(50-300bp)与参考基因组的比对;Minimap2主要处理长读长数据(A错);HMMER用于蛋白质结构域搜索(C错);IGV是可视化工具(D错)。
以下哪个数据库主要存储蛋白质功能注释信息?
A.NCBIGenBank(核酸序列数据库)
B.Ensembl(基因组数据库)
C.UniProt(蛋白质数据库)
D.GEO(基因表达数据库)
答案:C
解析:UniProt(UniversalProteinResource)整合了蛋白质序列、功能、结构等注释信息;GenBank存储核酸序列(A错);Ensembl侧重基因组组装与注释(B错);GEO存储基因表达谱数据(D错)。
测序数据质量控制中,Phred分数Q30表示的错误概率是?
A.0.1%(Q30=-10log10(0.001))
B.1%(Q20对应1%)
C.10%(Q10对应10%)
D.0.01%(Q40对应0.01%)
答案:A
解析:Phred分数计算公式为Q=-10log10(P),其中P为错误概率。Q30对应P=10^-3=0.1%;Q20对应1%(B错),Q10对应10%(C错),Q40对应0.01%(D错)。
以下哪项是SNP(单核苷酸多态性)检测的关键步骤?
A.序列拼接(基因组组装步骤)
B.变异位点过滤(SNP检测流程)
C.蛋白结构预测(功能分析步骤)
D.表达量计算(RNA-seq分析步骤)
答案:B
解析:SNP检测流程通常包括比对(BAM文件生成)、标记重复(MarkDuplicates)、局部重比对(IndelRealignment)、碱基质量校正(BQSR)、变异检测(如GATKHaplotypeCaller)及过滤(如根据深度、质量值过滤);序列拼接是组装步骤(A错),蛋白结构预测与SNP检测无关(C错),表达量计算属于RNA-seq分析(D错)。
关于FASTQ格式的描述,正确的是?
A.仅包含核酸序列(还包含质量分数)
B.每行4条记录(每4行为一个read)
C.质量分数行以“”开头(以“+”开头)
D.常用于存储比对结果(BAM/SAM格式)
答案:B
解析:FASTQ格式每4行为一个read:第1行@开头(标识符),第2行序列,第3行+开头(可选注释),第4行质量分数;A错(含质量),C错(+开头),D错(比对结果用SAM/BAM)。
以下哪种工具用于RNA-seq数据的表达量定量?
A.STAR(比对工具)
B.Salmon(定量工具)
C.GATK(变异检测工具)
D.FastQC(质量控制工具)
答案:B
解析:Salmon基于准比对(quasi-mapping)技术快速定量转录本表达量;STAR是RNA-seq比对工具(A错),GATK用于变异检测(C错),FastQC用于质量控制(D错)。
功能富集分析中,GO(基因本体论)不包含以下哪类术语?
A.分子功能(MolecularFunction)
B.细胞组分(CellularComponent)
C.生物过程(BiologicalProcess)
D.代谢通路(KEGG范畴)
答案:D
解析:GO分为分子功能、细胞组分、生物过程三大类;代谢通路属于KEGG(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes)的注释范畴(D错)。
三代测序(如PacBio)的主要优势是?
A.错误率低(错误率高,需纠错)
B.读长极长(可达10-100kb)
C.成本低廉(成本高于二代测序)
D.适合小片段测序(适合长片段)
答案:B
解析:三代测序(PacBio、ONT)的核心优势是单分子长读长(10kb以上),但原始错误率高达15-20%(需通过循环一致性测序或混合组装纠错);A错(错误率高),C错(成本高),D错(适合长片段)。
以下哪项是ChIP-seq(染色质免疫共沉淀测序)的主要分析目标?
A.基因表达量差异(RNA-seq目标)
B.转录因子结合位点(ChIP-seq目标)
C.单碱基变异(全外显子测序目标)
D.拷贝数变异(CNV分析目标)
答案:B
解析:ChIP-seq通过免疫沉淀富集与特定蛋白(如转录因子、组蛋白修饰)结合的DNA片段,主要用于鉴定蛋白结合位点;A是R
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