玉米AAP基因密码子偏性与进化分析.pdfVIP

31卷3期天津农学院学报Vol.31，No.3

2024年6月JournalofTianjinAgriculturalUniversityJune，2024

文章编号：1008-5394（2024）03-0017-06DOI：10.19640/ki.jtau.2024.03.004

玉米AAP基因密码子偏性与进分析

王宇，罗希帆，葛均筑，陈帅君，杨红澎，吴疆通信作者

（天津农学院农学与资源环境学院，天津300392）

摘要：氨基酸透性酶（AAP）通过参与植物体内氨基酸吸收和转运，从而改变植物生长发育。研

究其密码子偏好性，对AAP基因异源表达、功能验证及完善其遗传转化体系具有指导意义。使用

CodonW、EMBOSS、Origin2021以及SPSS等程序软件，对25个物种的AAP基因密码子进行聚类、

中性、ENC以及PR2绘图分析，选择玉米AAP最佳异源表达受体及遗传转化受体。结果表明：玉

米AAP基因的CAI、ENc、GC值分别为0.269、35.48、65.3%，表明其密码子偏好性较弱，且在编

码蛋白过程中偏好以G/C结尾；RSCU聚类分析表明，玉米AAP基因与单子叶禾本科植物的使用偏

好性近，且同源关系也较近；而中性、ENC以及PR2绘图分析显示，玉米AAP基因密码子偏好

性受自然选择影响较大；密码子使用频率分析表明，大肠杆菌比酵母表达系统更适合作为玉米AAP

基因的异源表达受体，水稻更适合作为遗传转化受体。本研究为今后玉米AAP的功能验证及转基

因植物培育等提供了研究基础。

关键词：玉米；AAP基因；密码子偏性；聚类分析；异源表达

中图分类号：S513文献标识码：A

CodonbiasandevolutionanalysisofmaizeAAPgene

WangYu,LuoXifan,GeJunzhu,ChenShuaijun,YangHongpeng,WuJiangCorrespondingAuthor

（CollegeofAgronomyandResourcesEnvironment,TianjinAgriculturalUniversity,Tianjin300392,China）

Abstract:Aminoacidpermease(AAP)isinvolvedintheabsorptionandtransportofaminoacidsinplants,therebyalteringplant

growthanddevelopment.ThestudyofcodonpreferenceofAAPgeneisofguidingsignificanceforheterologousexpressionof

AAPgene,functionalverificationandimprovementofitsgenetictransformationsystem.CodonW,EMBOSS,Origin2021and

SPSSwereusedtoperformclustering,neutral,ENCandPR2-plotofAAPgenecodonsof25species,andthebest

heteroexpressionreceptorandgenetictransformationreceptorofmaizeAAPwereselected.Theresults