2025年大学《生物信息学》专业题库—— 生物信息学在干细胞研究中的应用.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——生物信息学在干细胞研究中的应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、选择题（每题2分，共20分）

1.在干细胞研究中，用于鉴定不同干细胞类型或分化阶段特异性基因表达的常用技术是？

A.ATAC-seq

B.ChIP-seq

C.RNA-Seq

D.scRNA-seq

2.下列哪个数据库是存储和检索基因组序列、基因注释信息的主要公共数据库？

A.GEO

B.UniProt

C.NCBI

D.PDB

3.在进行RNA-Seq数据分析时，对原始测序读数（RawReads）进行质量控制的常用软件是？

A.BLAST

B.Samtools

C.Trimmomatic

D.Bowtie2

4.用于比较两个基因组或转录组之间差异，并鉴定差异表达基因的工具或方法属于？

A.序列比对

B.变异检测

C.差异表达分析

D.聚类分析

5.单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术主要解决了传统基因表达研究中哪个问题？

A.无法检测稀有细胞

B.无法研究基因调控网络

C.只能检测管家基因表达

D.无法进行空间分辨

6.在iPSC重编程过程中，生物信息学方法可用于？

A.直接进行细胞重编程

B.鉴定重编程过程中发生的关键基因表达变化

C.人工合成iPSC细胞

D.完全替代实验验证

7.以下哪项技术通常用于研究干细胞染色质的可及性，从而推断潜在的转录调控区域？

A.RNA-Seq

B.DNA甲基化测序

C.ATAC-seq

D.ChIP-seq

8.生物信息学中的K-mer计数技术在哪些方面有应用？（多选，请在答题卡上标记）

A.DNA序列组装

B.基因组重复序列检测

C.序列比对

D.转录组定量分析

9.空间转录组学技术的主要优势在于？

A.可以分析单个细胞的基因表达

B.可以同时检测多种分子（如RNA和蛋白质）

C.能够在组织空间分辨率下检测细胞间的基因表达交流

D.可以检测极低丰度的转录本

10.用于评估基因表达数据中批次效应影响的常用方法包括？

A.PCA（主成分分析）

B.t-SNE（降维技术）

C.DESeq2或edgeR包

D.基于K-mer的序列聚类

二、填空题（每空1分，共15分）

1.干细胞具有___和___的潜能。

2.BLAST算法的全称是___。

3.常用的基因组序列比对工具___和___。

4.RNA-Seq数据分析中，通常需要将原始测序读数比对到___上。

5.scRNA-seq数据分析中，常用的降维方法包括___和___。

6.评估基因表达差异统计显著性时，常用的p值阈值（显著性水平）通常设置为___。

7.在干细胞研究中，ATAC-seq技术主要用于检测___区域的频率。

8.构建基因调控网络时，除了表达数据，往往还需要___等数据。

9.旨在模拟或预测生物系统行为，例如干细胞分化过程的计算模型称为___模型。

10.干细胞研究中常用的基因表达数据库是___。

三、简答题（每题5分，共20分）

1.简述RNA-Seq数据分析的主要流程。

2.解释什么是干细胞标记物，并举例说明其在研究中的应用。

3.ATAC-seq和ChIP-seq技术在研究干细胞表观遗传学方面有何不同？

4.单细胞测序技术（scRNA-seq）在分析干细胞异质性方面提供了哪些优势？

四、论述题（每题10分，共30分）

1.设计一个利用RNA-Seq数据分析iPSC细胞与来源的ESC之间基因表达差异的方案，包括所需数据、关键分析步骤和预期结果解读。

2.阐述生物信息学方法在识别新的干细胞标记物方面的作用和流程。

3.结合具体的分析技术（如空间转录组学、多组学整合），讨论生物信息学如何帮助我们理解干细胞在组织微环境中的行为和功能。

试卷答案

一、选择题（每题2分，共20分）

1.C

2.C

3.C

4.C

5.A

6.B

7.C

8.ABD

9.C

10.A

二、填空题（每空1分，共15分）

1.自我更新；多向分化

2.BasicLocalAlignmentSearchTool

3.Bowtie2；BWA

4.参考基因组（