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基于转录组测序的广西莪术SSR分子标记开发与应用研究

一、引言

1.1研究背景与意义

广西莪术（CurcumakwangsiensisS.G.LeeetC.F.Liang）作为姜科姜黄属的多年生草本植物，是广西极具代表性的道地药材，被列入“桂十味”。其干燥根茎习称“桂莪术”，具有行气破血、消积止痛的功效，常用于治疗癥瘕痞块、瘀血经闭、胸痹心痛、食积胀痛等症状。现代药理研究表明，桂莪术还具备抗血栓、抗肿瘤、抗菌、抗炎、抗病毒、调节血糖血脂等多种功效。其干燥块根习称“桂郁金”，有活血止痛、行气解郁、清心凉血的功效，还具有保肝、止血和抗凝血、抗炎镇痛、收缩血管、抗肿瘤、抗肝纤维化、利胆退黄等作用。

随着对广西莪术化学成分、药理作用和临床应用研究的不断深入，其在医药领域的应用愈发广泛，国内外市场需求量日益增大。据相关数据显示，2021年广西莪术全区种植面积已近3万亩，人工种植已成为莪术药材的主要来源。然而，在人工栽培过程中，普遍存在种源不清、种质混杂的现象。不同种源的广西莪术在生长特性、有效成分含量等方面存在较大差异，这不仅导致药材品质极不稳定，极大地影响了药材的用药安全与有效性，也阻碍了相关药品质量的稳定性和可控性，进而影响到桂产广西莪术品牌的树立和市场竞争力。

准确鉴定广西莪术的种质资源，深入了解其遗传背景和遗传多样性，对于解决种质混杂问题、保障药材质量、推动广西莪术产业的可持续发展至关重要。SSR（SimpleSequenceRepeat）分子标记，又称简单重复序列标记和微卫星DNA，是一种以特异引物PCR为基础的分子标记技术。由于其具有数量丰富、覆盖整个基因组、揭示的多态性高、呈共显性遗传、引物设计简便等优点，已被广泛应用于植物的遗传图谱构建、目标基因标定、指纹图绘制、遗传多样性分析等研究领域。开发广西莪术的SSR分子标记，并利用其进行遗传多样性分析，能够为广西莪术的种质鉴定、遗传育种、资源保护等提供有力的技术支持，对于广西莪术产业的健康发展具有重要的理论和实践意义。

1.2国内外研究现状

1.2.1SSR分子标记技术概述

SSR标记的原理基于基因组中某一特定微卫星的保守性较强的侧翼序列。科学家们可以克隆、测序微卫星侧翼的DNA片段，并根据其序列合成引物进行PCR扩增，从而扩增出单个微卫星位点。由于单个微卫星位点的重复单元在数量上存在变异，个体的扩增产物在长度上呈现多态性，称为简单序列重复长度多态性（SSLP），每个扩增位点代表了该位点的一对等位基因。SSR通常由1-6个重复串联的核苷酸组成，长度一般不超过100bp。

相较于其他分子标记，SSR标记具有诸多显著特点。一是数量丰富，几乎覆盖整个基因组，能够揭示更高水平的遗传多态性；二是具有多等位基因的特性，可提供丰富的遗传信息；三是遗传方式为共显性，能够明确区分杂合子和纯合子；四是引物设计相对简便，便于不同实验室之间的交流与合作。根据重复序列的重复单位的长度，可将串联重复序列分为卫星DNA、微卫星DNA（即SSR）、小卫星DNA等。其中，微卫星DNA广泛分布于基因组的不同位置，在真核生物的基因组中含量丰富，且常常随机分布于核DNA中。在植物中，如拟南芥、玉米、水稻、小麦等的研究均表明微卫星分布广泛，但不同植物中微卫星出现的频率变化较大。

SSR标记技术在植物研究中应用广泛。在遗传图谱构建方面，通过分析SSR标记在不同个体中的多态性，可确定基因之间的相对位置，构建高精度的遗传图谱，为基因定位和克隆提供基础。在目标基因标定中，利用SSR标记与目标基因的紧密连锁关系，能够准确确定目标基因的位置，加速基因的研究和利用。在指纹图绘制上，SSR标记可用于鉴别不同品种或个体，构建独特的指纹图谱，用于品种鉴定、种质资源保护和利用等。此外，SSR标记还在遗传多样性分析、亲缘关系鉴定、分子标记辅助育种等领域发挥着重要作用。

1.2.2广西莪术研究现状

广西莪术主要分布于广西钦州、贵港、南宁、百色、上思、玉林等地，喜湿润、温暖的气候环境，不耐寒、耐热，需光性很强，适宜生长在排水良好、土层深厚、下紧上疏松的肥沃沙壤土中。其株高80-150厘米，根茎圆柱形，肉质；叶基生，直立，叶片椭圆状长圆形至长圆状披针形；花葶由根茎单独发出，常先叶而生，穗状花序圆柱状。

在化学成分方面，广西莪术含有挥发油、姜黄素类、多糖等多种成分。挥发油是其主要活性成分之一，包含莪术醇、莪术二酮等多种萜类化合物，具有抗肿瘤、抗炎、抗菌等生物活性。姜黄素类成分则具有抗氧化、抗炎、调节血脂等作用。这些化学成分的含量和组成在不同产地、不同生长环境的广西莪术之间存在一定差异。

药理作用研究表明，广西莪术具有多种显著的药