分子模拟中氢键络合物结合能计算与结构验证.pdfVIP

J.Am.Chem.Soc.,2007,129,15742.OrderingofDipeptideChainsonCuSurfacesthrough

2DCocrystallization

（1）采用MM2方法计算TPA二聚体复合物的结构和结合能E。（2分）

1

（2）采用MM2方法计算Phe-Phe二聚体复合物的结构和结合能E。（2分）

2

（3）采用MM2方法计算Phe-Phe-TPA二聚体复合物的结构和结合能E。通过结合能的比

3

较，验证与实验结果EEE是否相符合？（2分）

231

（4）设计出如图2所示的2TPA-2Phe四聚体复合物的结构并计算其结合能。（4分）

Answer:

(1)use“C6H6”,“COOH”texttocreatTPA,makesuretheCOOHisincisconformation.TheMM2

optimizedenergyofTPAmonomeris-0.7kcal/mol.CopythestructureofTPAandpastetwiceto

make(TPA)dimer.AfterMM2optimization,theenergyis-8.5kcal/mol.Therefore,thebinding

2

energyforthedimerisE1=-8.5–(-0.7)*2=7.1kcal/mol.

(2)use“PhePhe”texttocreatL-dipeptide.NoteyouneedtoerasetheclosedC-Nbond

automaticallygenerated,andadd–OHgroupattheCterminalandaddHattheNterminal.The

MM2optimizedenergyofL-dipeptideis-7.6kcal/mol.Copy2PhePhestructurestogetherandmake

various(PhePhe)2dimerasfollows:

ThisisadoubleH-bondstructure,occuring

weentheC=OgroupandtheNH2group

ofthetwodepeptides.TheMM2optimized

energyis-34.6kcal/mol,Thusthebinding