林木低温胁迫 iceA 基因 RNA-seq 差异表达分析代码+报告+可视化试题库及答案.docVIP

林木低温胁迫iceA基因RNA-seq差异表达分析代码+报告+可视化试题库及答案

一、单项选择题（每题2分，共10题）

1.RNA-seq技术主要用于检测（）

A.DNA序列B.蛋白质表达C.基因转录水平D.染色体结构

2.分析差异表达基因常用的R包是（）

A.ggplot2B.DESeq2C.tidyverseD.dplyr

3.iceA基因主要参与（）

A.光合作用B.低温胁迫响应C.细胞分裂D.水分运输

4.可视化基因表达量常用的图是（）

A.饼图B.柱状图C.折线图D.箱线图

5.以下哪种数据预处理是RNA-seq分析必需的（）

A.标准化B.聚类C.回归D.分类

6.差异表达分析中FDR指的是（）

A.假阳性率B.假阴性率C.错误发现率D.准确率

7.读取RNA-seq数据的函数是（）

A.read.csvB.read.tableC.readRDSD.read.delim

8.绘制火山图的主要目的是（）

A.展示基因分布B.筛选差异表达基因C.展示样本关系D.展示基因功能

9.构建基因表达矩阵时，行代表（）

A.样本B.基因C.表达量D.实验条件

10.对基因表达数据进行归一化的作用是（）

A.提高数据精度B.消除样本间差异C.降低数据维度D.增强数据噪声

二、多项选择题（每题2分，共10题）

1.RNA-seq数据分析步骤包括（）

A.数据预处理B.差异表达分析C.功能注释D.可视化

2.常用的基因表达量量化指标有（）

A.FPKMB.TPMC.RPKMD.RPM

3.可以用于可视化RNA-seq数据的工具包括（）

A.R语言B.PythonC.GraphPadPrismD.Excel

4.在林木低温胁迫研究中，iceA基因可能参与的途径有（）

A.细胞膜稳定性调节B.抗氧化防御C.信号转导D.光合作用调控

5.差异表达分析结果解读需要关注的指标有（）

A.FoldChangeB.P-valueC.FDRD.TPM值

6.数据预处理中可能涉及的操作有（）

A.去除低质量readsB.比对到参考基因组C.基因定量D.样本聚类

7.以下哪些是DESeq2包的功能（）

A.差异表达分析B.数据标准化C.基因注释D.结果可视化

8.绘制热图可以展示（）

A.基因表达模式B.样本间相似性C.差异表达基因D.基因功能

9.选择参考基因组时需要考虑的因素有（）

A.物种亲缘关系B.基因组完整性C.注释信息D.测序深度

10.RNA-seq数据的质量评估指标包括（）

A.测序深度B.碱基质量C.比对率D.基因覆盖度

三、判断题（每题2分，共10题）

1.RNA-seq可以直接检测蛋白质表达水平。（）

2.DESeq2只能用于分析两个样本间的差异表达。（）

3.基因表达量的标准化是为了消除技术误差。（）

4.火山图中，横坐标表示FoldChange，纵坐标表示P-value。（）

5.iceA基因在所有林木中功能相同。（）

6.数据预处理对RNA-seq分析结果影响不大。（）

7.聚类分析可以将表达模式相似的基因归为一类。（）

8.可视化对于理解RNA-seq数据结果不重要。（）

9.差异表达基因的功能注释可以通过数据库查询实现。（）

10.比对到参考基因组的reads越多，数据质量越好。（）

四、简答题（每题5分，共4题）

1.简述RNA-seq数据预处理的主要目的。

答：去除低质量数据、比对到参考基因组以准确获取基因信息、进行基因定量，消除样本间技术差异，为后续准确的差异表达分析等提供高质量数据基础。

2.说明使用DESeq2进行差异表达分析的基本步骤。

答：先导入数据并构建表达矩阵，再用DESeq2函数进行标准化和差异分析，设置对照和比较组，最后通过结果函数获取差异表达分析结果，如FoldChange、P-value等指标。

3.列举两种常用的可视化基因表达数据的图形及适用场景。

答：柱状图适用于直观比较不同样本或