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细菌的命名原则;细菌属于原核生物界，生物学的细菌分类层次是界、门、纲、目、科、属、种。
如大肠杆菌的分类系统为：原核生物界→细菌门→分裂型细菌亚纲→真细菌目→肠杆菌科→埃希菌属→大肠埃希菌种。;同一种的细菌，性状基本相同，但某些方面有差异时，差异明显的称为“亚种”或“变种”，差异微小的称为“型”，例如根据抗原结构的差异分为各种血清型；根据对噬菌体和细菌素敏感性不同，可分为噬菌体型和细菌素型等。
将不同来源的同一种细菌称为菌株，例如分别从5例鱼体内分离得到了5株鳗弧菌
;细菌的命名采用拉丁文双名法，每个菌名由两个拉丁字组成，前一字为属名，用名词大写；后一字为种名，用形容词小写，印刷时用斜体字。
例如鳗弧菌的拉丁学名为Vibrioanguillarum。细菌除学名外，有时也有用通俗名称，例如结核分枝杆菌（Mycobacteriumtuberculosis），又称“结核杆菌”，用英文tuberclebacillus表示。
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