基于焦磷酸深度测序的HIV-1劣势耐药株检测体系构建与临床验证.docxVIP

基于焦磷酸深度测序的HIV-1劣势耐药株检测体系构建与临床验证

一、引言

1.1研究背景

人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）是导致艾滋病（AIDS）的主要病原体，具有高度的遗传变异性。HIV-1属于逆转录病毒科慢病毒属，其基因组为两条相同的单链RNA。在病毒复制过程中，逆转录酶将病毒RNA逆转录为DNA，随后整合到宿主细胞基因组中，这一过程极易发生错误，导致病毒基因频繁突变。这种高突变率使得HIV-1在患者体内形成复杂的准种，增加了治疗和防控的难度。

自20世纪90年代高效抗逆转录病毒治疗（HAART）问世以来，HIV-1感染的治疗取得了显著进展，患者的生存期得到了极大延长，生活质量也有了明显提高。HAART通过联合使用多种抗逆转录病毒药物，如核苷类逆转录酶抑制剂（NRTIs）、非核苷类逆转录酶抑制剂（NNRTIs）、蛋白酶抑制剂（PIs）和整合酶链转移抑制剂（INSTIs）等，能够有效抑制病毒复制，降低病毒载量，重建患者的免疫系统。然而，随着HAART的广泛应用，HIV-1耐药问题日益凸显。

HIV-1耐药可分为原发性耐药（传播性耐药，TDR）和继发性耐药（获得性耐药，ADR）。原发性耐药是指患者在接受抗病毒治疗前就已感染耐药毒株，这主要是由于耐药毒株在人群中的传播所致；继发性耐药则是在抗病毒治疗过程中，由于药物选择压力，病毒发生基因突变，对一种或多种抗逆转录病毒药物产生耐药性。据相关研究报道，全球部分地区的原发性耐药率呈上升趋势，如我国2004-2022年的监测数据显示，总原发耐药发生率从2004-2007年的2.6%显著增加到2020-2022年的7.8%。耐药的出现导致抗病毒治疗失败，病毒反弹，病情恶化，同时也增加了耐药毒株传播的风险，给公共卫生带来了严峻挑战。

在HIV-1耐药研究中，劣势耐药株的检测具有重要意义。劣势耐药株是指在病毒群体中比例较低（通常低于20%-25%），但具有潜在耐药性的病毒株。传统的耐药检测方法，如常规测序技术，由于其检测下限较高，通常只能检测到病毒群体中占比大于20%-25%的优势耐药株，而无法有效检测劣势耐药株。然而，劣势耐药株在特定条件下，如抗病毒治疗过程中药物选择压力的改变，可能会迅速扩增，转变为优势耐药株，导致治疗失败。因此，准确检测劣势耐药株对于早期发现耐药风险，及时调整治疗方案，提高治疗成功率，以及监测耐药毒株的传播具有重要的临床意义和公共卫生价值。

1.2研究目的与意义

本研究旨在建立一种基于焦磷酸深度测序的检测方法，用于准确检测HIV-1劣势耐药株，并初步应用该方法对临床样本进行分析，了解劣势耐药株在HIV-1感染人群中的流行情况和分布特征。

建立焦磷酸深度测序检测HIV-1劣势耐药株的方法，能够突破传统检测技术的局限性，提高劣势耐药株的检测灵敏度和准确性。该方法可以检测到病毒群体中低频率的耐药突变，为临床医生提供更全面、准确的耐药信息，有助于早期发现潜在的耐药风险，及时调整治疗方案，避免因耐药导致的治疗失败，从而提高患者的治疗效果和生活质量。

本研究的结果对于HIV-1耐药监测具有重要意义。通过对临床样本的检测和分析，可以了解劣势耐药株在不同地区、不同人群中的流行情况和分布特征，为制定合理的耐药监测策略和防控措施提供科学依据。这有助于及时发现耐药毒株的传播趋势，采取有效的干预措施，防止耐药毒株的进一步扩散，降低耐药对公共卫生的影响。

1.3国内外研究现状

在HIV-1耐药检测方面，国外的研究起步较早，技术相对成熟。目前，国际上常用的HIV-1耐药检测方法包括基因型耐药检测和表型耐药检测。基因型耐药检测主要通过检测病毒基因组中与耐药相关的基因突变来判断耐药情况，具有操作简单、快速、成本较低等优点，是临床上最常用的耐药检测方法。如美国斯坦福大学的HIV耐药数据库，收集了大量的耐药突变信息，为基因型耐药检测结果的解读提供了重要参考。然而，基因型耐药检测存在一定的局限性，它只能检测已知的耐药相关突变，对于一些未知的突变或复杂的突变组合，可能无法准确判断耐药情况。表型耐药检测则是通过直接测定病毒对药物的敏感性来评估耐药程度，能够更直观地反映病毒的耐药情况，但该方法操作复杂、成本高、检测周期长，限制了其在临床上的广泛应用。

近年来，随着高通量测序技术的发展，深度测序技术逐渐应用于HIV-1耐药检测领域。深度测序能够对病毒基因组进行高深度测序，检测到低频率的耐药突变，从而发现劣势耐药株。国外已有多项研究利用深度测序技术对HIV-1劣势耐药株进行检测和分析，发现劣势耐药株在HIV-1感染人群中普遍存在，且与治疗失败、病毒反弹等密切相关。例如，