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面向复杂粒子交互体系的图神经网络动态建图策略与并行计算方案1

面向复杂粒子交互体系的图神经网络动态建图策略与并行计

算方案

1.复杂粒子交互体系概述

1.1特点与挑战

复杂粒子交互体系广泛存在于物理、化学、生物等众多领域，其特点和挑战主要体

现在以下几个方面：

体系复杂性

•粒子数量庞大：复杂粒子交互体系往往包含大量的粒子，例如在生物大分子体系

中，蛋白质分子由成千上万个原子组成，这些原子之间通过共价键、氢键、范德

华力等多种相互作用力连接在一起，形成复杂的三维结构。

•相互作用多样：粒子之间的相互作用形式丰富多样，不仅包括经典的物理力，如

引力、斥力等，还可能涉及量子力学层面的相互作用。以纳米材料为例，其粒子

尺寸在纳米级别，量子限域效应显著，粒子间的相互作用不再遵循宏观物理规律，

这给研究带来了极大的挑战。

•动态变化显著：这类体系的粒子位置和相互作用并非固定不变，而是处于动态变

化之中。在化学反应过程中，反应物粒子不断碰撞、重组，生成新的产物粒子，整

个体系的结构和性质也随之发生改变。据统计，在某些高温高压条件下的化学反

应体系中，粒子的平均位置变化频率可高达每秒数百万次。

研究挑战

•建模难度大：由于复杂粒子交互体系的复杂性和动态性，传统的建模方法难以准

确描述其结构和行为。例如，对于具有高度非线性相互作用的生物分子体系，传

统的刚体模型或简单的弹簧模型无法准确反映粒子间的复杂相互作用，需要开发

更先进的建模方法来捕捉其本质特征。

•计算资源需求高：对复杂粒子交互体系进行精确计算需要消耗大量的计算资源。

以分子动力学模拟为例，为了模拟一个包含数百万粒子的体系在纳秒级别的时间

尺度上的行为，需要进行海量的计算。据估算，对于一个中等规模的生物分子体

系，使用传统的分子动力学软件进行一次完整的模拟可能需要数天甚至数周的时

间，这在实际应用中是难以接受的。

2.图神经网络基础2

•数据处理复杂：在研究复杂粒子交互体系时，会产生大量的数据，包括粒子的位

置、速度、相互作用力等信息。这些数据不仅数量庞大，而且具有高度的复杂性

和关联性，如何有效地存储、管理和分析这些数据是一个亟待解决的问题。例如，

在对蛋白质折叠过程进行模拟时，产生的数据量可达数TB级别，如何从这些海

量数据中提取有价值的信息，对于理解蛋白质折叠机制至关重要。

2.图神经网络基础

2.1基本原理

图神经网络（GNN）是一种专门用于处理图结构数据的深度学习模型，其基本原理

是通过聚合节点的邻域信息来更新节点的特征表示，从而实现对图结构数据的学习和

分析。在复杂粒子交互体系中，每个粒子可以被视为图中的一个节点，粒子之间的相互

作用则可以表示为节点之间的边，因此图神经网络能够很好地对这种体系进行建模和

分析。

•信息聚合与更新：图神经网络的核心操作是信息聚合和更新。对于每个节点，它

会聚合其邻域节点的信息，然后结合自身的特征进行更新，生成新的节点特征表

示。这一过程可以表示为

(l+1)(l)(l)∑(l)(l)



hi=σWhi+Whj

j∈N(i)

，其中h(l)表示第l层中节点i的特征，N(i)表示节点i的邻域节点集合，W(l)

i

是可学习的权重矩阵，σ是激活函数。通过多层的聚合和更新操作，图神经网络

能够捕捉到节点之间复杂的依赖关