基于蛋白质相互作用抑制CDC25B磷酸酯酶小分子靶向研究.pdfVIP

文献标题：

InhibitionofCDC25BPhosphataseThroughDisruptionofProtein–Protein

Interaction

通过阻断蛋白质间相互作用抑制CDC25B磷酸酯酶

：

ACSChem.Biol

ISSN：1554-8929

作者：

Lund,George

Dudkin,Sergii

Borkin,Dmitry

Ni,Wendi

Grembecka,Jolanta

Cierpicki,Tomasz

：

November25,2014

IF：5.356

SCI分区：2区（生物）

说明三年平均IF在学科中5-20%

背景：

CDC25属于高保守的双位点磷酸酯酶，它通过对CDK复合物的某些磷酸化位点去磷酸化来

活化它，促使细胞过渡到下一个周期，从而参与了细胞周期的调控。

在许多的组织中，CDC25是异常高表达的，而且有一些表明这种高表达可能对于

的发展起着促进作用。而如果下调CDC25de表达的话，会引起细胞周期阻滞，从而抑

制细胞增殖。所以CDC25成为了一个潜在的抗癌药物靶点。

：

在这里，我们探索了片段筛选技术是否适用于确证CDC25B的小分子抑制剂，并且确证了

2-氟-4-羟基苄腈（我们简单称为复合物1），能够直接结合CDC25B的催化结构域。有趣的

是，通过核磁谱图和晶体结构扫描，我们发现复合物1与CDC25B的结合位点并不是

其活性位点，而是一个比较遥远的蛋白质间相互作用位点（简称为PPI位点）。因此，我们

进一步开发出了更有效的类似物，它可以破坏CDC25B与CDK2/CyclinA蛋白间的作用并

且抑制CDK2的去磷酸化。基于这些研究，我们了一个观点可以证明以CDC25磷酸酶

为药物靶标，通过抑制它与CDK2/细胞周期蛋白A的蛋白质-蛋白质相互作用，是一种新

的、可行的、以这类重要的酶为靶标的机会。

方法：

重组蛋白的表达和纯化技术

基于NMR的活性片段筛选

结晶和晶体结构测定

蛋白质相互作用分析

CDC25B磷酸酯酶活性测定

基于核磁技术的活性片段筛选的原理：

通过分析核磁波谱得到的反映核性质的参数,以及周围化学环境对这些参数的影响规

律,可以得到有机化合物分子结构和分子间相互作用的信息,这些构成了基于NMR的片段筛

选的理论基础。

传统的高通量筛选需要筛选上百万个化合物，通过生物化学分析寻找高亲和力的小分子先导化

合物，片段筛选则仅需数千个药物片段，通过生物（NMR、SPR等）的方法寻找较弱

亲和力的片段，再将这些片段拼装为先导化合物。因此，片段筛选具有小巧、化学空间采样

广泛、高，命中物的配基效率高、命中物具有类似于药物的化学特性等优势。

方法介绍：

利用NMR技术所建立的化合物筛选方法按NMR的检测对象可分为2种:基于药靶的筛选

和基于配体的筛选。

基于药靶的筛选方法是通过观察靶标分子的化移变化来实现的。最著名的就是由Abbott

的Hajduk等发明的方法,称为SAR-by-NMR(structure-activityrelationshipbyNMR)。

SAR-by-NMR方法是利用15N标记的蛋白质和15N-1HHSQC实验来实现的。由于小分子

和蛋白质结合后,蛋白质结合位点的局部化学环境会发生改变,因此通过二维的

15N-1HHSQC谱中15N或1H的化移的变化，可以检测到是否有小分子和蛋白结合,结合

位点可以由发生化移变化的残基来确定。

这篇文献就是采用了此方法用于确证复合物1与CDC25B之间的结合以及结合位点。

结果与讨论：

为了评估小分子化合物CDC25B是否结合，我们采用了药物片段筛选技术。一个由大约

1500个不同的化学小分子组成的片段库，我们通过核磁谱图对其进行筛选，观察

15N标记的CDC25B催化口袋的H-15NHSQCNMR光谱图中1H和15N的化移扰动。

通过该筛选，我们发现2-氟-4-羟基苄腈（化合物1），是能结合