鱼类环境RNA监测技术规范.docxVIP

Q/LB.□XXXXX-XXXX

PAGE2

ICS

FORMTEXT

CCS

FORMTEXT点击此处添加CCS号

FORMTEXT

FORMTEXT北京市地方标准

DBFORMTEXTXX/TFORMTEXTXXXX—FORMTEXTXXXX

FORMTEXT

FORMTEXT鱼类环境RNA监测技术规范

FORMTEXTTechnicalregulationsforfishmonitoringusingenvironmentalRNA

FORMDROPDOWN

FORMTEXT

FORMDROPDOWN

FORMTEXTXXXX-FORMTEXTXX-FORMTEXTXX发布

FORMTEXTXXXX-FORMTEXTXX-FORMTEXTXX实施

FORMTEXT北京市市场监督管理局??发布

STYLEREF标准文件_文件编号DBXX/TXXXX—XXXX

STYLEREF标准文件_文件编号DBXX/TXXXX—XXXX

PAGE1

目次

TOC\o1-1\h\t标准文件_一级条标题,2,标准文件_附录一级条标题,2,前言 II

1范围 1

2规范性引用文件 1

3术语和定义 1

4试剂和器具 2

4.1试剂 2

4.2主要器具 2

4.3器具准备 3

5监测步骤 3

5.1监测流程 3

5.2采样点设置 4

5.3水样采集与抽滤 4

5.4RNA提取和cDNA合成 4

5.5PCR扩增 5

5.6测序与数据分析 6

5.7质量保证与质量控制 6

附录A（资料性）8碱基标签参考序列 8

附录B（规范性）鱼类eRNA监测结果记录表 9

参考文献 10

前言

本文件按照GB/T1.1—2020《标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草规则》的规定起草。

本文件由北京市水务局提出并归口。

本文件由北京市水务局组织实施。

本文件起草单位：北京市水文总站（北京市水务局水质水生态监测中心）、中国科学院生态环境研究中心。

本文件主要起草人：

鱼类环境RNA监测技术规范

范围

本文件规定了鱼类环境RNA（eRNA）监测的对象、技术方法、采集和实验分析等技术要求。

本文件适用于河流、湖泊、水库、渠道等淡水地表水的鱼类eRNA监测。

规范性引用文件

下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。

GB/T6682分析实验室用水规格和试验方法

GB/T30989高通量基因测序技术规程

DB11/T2023鱼类贝类环境DNA识别技术规范

术语和定义

下列术语和定义适用于本文件。

环境RNAenvironmentalRNA；eRNA

指生物体在环境中释放的包含游离和残留细胞中的RNA，可提供一个环境中活体物种的存在记录和群落组成信息。

互补DNAcomplementaryDNA；cDNA

cDNA是以RNA作为模板，利用逆转录酶催化合成的DNA链。

分类操作单元operationaltaxonomicunit；OTU

在系统发生学、群体遗传学研究中设定的分子分类单位，具有可鉴别生物分类单元（品系、种、属等）序列分类特征。一般把碱基序列相似度不小于97%的OTU定义为一个物种。

[来源：DB11/T2023，3.5，有修改]

引物条形码barcode

为高通量测序时区分不同样点PCR产物的物种基因序列，在扩增引物5’端增加的序列特异性短片段标记。

[来源：DB11/T2023，3.6，有修改]

相似度sequencesimilarity

为序列间比对时覆盖片段中相同DNA碱基数占总碱基数目的比例，以百分数表示。

覆盖度sequencecoverage

为测序序列中与数据库比对成功的的DNA碱基数占总碱基数目的比例，以百分数表示。

试剂和器具

试剂

除非另有说明，试剂均使用符合国家标准的分析纯试剂，试验用水均使用满足GB/T6682中一级水要求的新制备的超纯水。具体要求如下：

次氯酸钠（NaClO）；

氢氧化钠（NaOH）；

乙二胺四乙酸（EDTA，C10H16N2O8）；

乙二胺四乙酸溶液：c（EDTA）=0.5mol/L。称取14.612gEDTA溶于适量超纯水中，NaOH固体调节pH至8.0，