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构建用于病毒与宿主蛋白互作预测的双通道序列比对学习模型1

构建用于病毒与宿主蛋白互作预测的双通道序列比对学习模

型

1.研究背景与意义

1.1病毒与宿主蛋白互作的重要性

病毒与宿主蛋白之间的相互作用是病毒感染和致病机制的核心环节。在病毒感染

过程中，病毒蛋白与宿主蛋白相互作用，从而调控宿主细胞的生理功能，实现病毒的入

侵、复制和传播。例如，流感病毒的血凝素蛋白（HA）能够与宿主细胞表面的唾液酸受

体结合，从而介导病毒进入宿主细胞。此外，病毒蛋白还可能干扰宿主细胞的免疫反应，

如HIV病毒的Nef蛋白能够抑制宿主细胞的抗病毒免疫反应，从而促进病毒的持续感

染。深入了解病毒与宿主蛋白的互作机制，对于揭示病毒的致病机制、开发抗病毒药物

和疫苗具有重要意义。据统计，全球每年因病毒感染导致的疾病负担超过数千万人，其

中许多疾病如流感、艾滋病等仍然是公共卫生的重大挑战。通过预测和研究病毒与宿主

蛋白的互作，可以为抗病毒药物的研发提供新的靶点，从而降低病毒感染的发病率和死

亡率。

1.2现有预测方法的局限性

目前，预测病毒与宿主蛋白互作的方法主要包括实验方法和计算方法。实验方法如

酵母双杂交、共免疫沉淀等虽然能够直接检测蛋白质之间的相互作用，但存在耗时长、

成本高、通量低等缺点。例如，酵母双杂交实验需要对大量的蛋白质进行逐一筛选，一

个完整的实验周期可能需要数月甚至数年的时间，且实验结果的假阳性率较高。计算方

法则通过生物信息学工具和机器学习算法来预测蛋白质之间的相互作用，具有快速、低

成本的优点。然而，现有的计算方法在预测病毒与宿主蛋白互作时存在一些局限性。一

方面，传统的序列比对方法主要基于单通道的氨基酸序列相似性，忽略了蛋白质的结构

和功能信息，导致预测精度较低。另一方面，一些基于机器学习的模型需要大量的标注

数据进行训练，而病毒与宿主蛋白互作的数据相对稀缺，难以满足模型训练的需求。此

外，现有的模型在处理复杂的蛋白质序列时，容易出现过拟合现象，影响模型的泛化能

力。因此，开发一种高效、准确的双通道序列比对学习模型，能够充分利用蛋白质的序

列和结构信息，对于提高病毒与宿主蛋白互作预测的精度具有重要的研究价值。

2.双通道序列比对学习模型理论基础2

2.双通道序列比对学习模型理论基础

2.1序列比对原理

序列比对是生物信息学中用于比较两个或多个生物序列（如DNA、RNA或蛋白质

序列）相似性的重要方法。其基本原理是通过计算序列之间的相似度分数，找出序列之

间的最佳匹配方式。在蛋白质序列比对中，通常会考虑氨基酸的物理化学性质、进化保

守性等因素，以确定氨基酸之间的相似性。例如，使用PAM（PointAcceptedMutation）

矩阵或BLOSUM（BLOcksSUbstitutionMatrix）矩阵来量化氨基酸之间的替换概率，

从而更准确地评估序列之间的相似性。

•传统的序列比对方法主要基于动态规划算法，如Needleman-Wunsch算法用于全

局比对，Smith-Waterman算法用于局部比对。这些算法能够找到序列之间的最优

比对路径，但计算复杂度较高，对于长序列的比对效率较低。

•随着生物序列数据量的增加，一些基于启发式的比对算法如BLAST（BasicLocal

AlignmentSearchTool）被开发出来，能够在较短时间内完成大规模序列的比对。

BLAST通过快速扫描数据库中的序列，寻找与目标序列相似的片段，从而实现高

效的序列比对。

•然而，传统的序列比对方法主要关注序列的一维信息，忽略了蛋白质的三维结构

和功能信息。蛋白质的结构和功能与其氨基酸序列密切相关，但仅通过序列相似

性无法准确预测蛋白质之间的相互作用。因此，需要引入新的方法来整合蛋白质

的序列和结构信息，以提高预测的准确性。

2.2双通道模型架构

双通道序列比对学习模型是一种结合了蛋白质序列信息和结构信息的新型预测模

型。其核心思想是通过两个独立的通道分别处理蛋白质的序列特征和结构特